Biogenouest Gen2Bio  

Gen2Bio 2020

la Mer

Mardi 17 mars 2020
Brest (29), Brest Arena

Affiche Gen2Bio

Gen2Bio, le congrès annuel Biotech organisé par Biogenouest, s’adresse à tous les acteurs des sciences du vivant et de l'environnement : laboratoires de recherche, entreprises innovantes, acteurs de la valorisation (SATT, pôles de compétitivité, technopoles, centres d'innovation technologique...).

Cette 13ème édition aura pour fil rouge la Mer pour les conférences plénières.

L'entrée à Gen2Bio est libre mais l'inscription obligatoire.

ATTENTION : aucun participant ne sera admis aux ateliers thématiques sans s'y être préalablement inscrit.

Le déjeuner est offert par Biogenouest (inscription obligatoire).

Plan d'accès à Gen2Bio, cliquez ici.

Formulaire d'inscription
Date limite d'inscription : Mardi 10 mars 2020


* : Champs obligatoires

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Je m'inscris à Gen2Bio 2020 (gratuit) : accès aux conférences, ateliers thématiques, exposition, pauses-café.

Je souhaite également m'inscrire pour présenter un poster lors de la session dédiée de Gen2Bio (date limite d'inscription : 15 février 2020)

Je m'inscris au déjeuner (gratuit mais inscription obligatoire).

Je suis intéressé pour participer le 18 mars à une visite de plates-formes et j'accepte de recevoir des informations sur ce projet de journée (en savoir plus)

J’accepte d’être recontacté(e) par courriel pour les prochains congrès Gen2Bio.

J’accepte que mon courriel soit transmis aux autres participants et exposants du congrès Gen2Bio.




Les ateliers durent 35 minutes, vous pouvez vous inscrire à 1 atelier par créneau horaire.

Je m'inscris aux Ateliers thématiques suivants (participation libre, inscription obligatoire, limitée à 4) :


8h30 - 9h15 Accueil café et badges
9h15 - 9h30 Allocution d'accueil - Auditorium
9h30 - 10h15

Conférence plénière n°1 : Présentation sur les virus de poissons marins axé sur l’épidémiologie moléculaire
par Laurent BIGARRE, ANSES Ploufragan-Plouzané, Unité pathologie virale des poissons.

10h20 - 10h55 Genomer 3.0 par Gwenn TANGUY et Erwan LEGEAY (Genomer), Simon DITTAMI (UMR8227 LBI2M)

La plate-forme Genomer développe des techniques d'extraction d'ADN de très haut poids moléculaire nécessaires pour envisager le séquençage de longs fragments (troisième génération). C'est ainsi que des projets de séquençage 3ème génération ont été réalisés en complément d'une analyse de données Illumina préalablement produites par la plate-forme.
Réaction d'hypersensibilité retardée : un test cutané peu invasif pour molécules immuno-régulatrices innovantes par Stéphanie LE BAS-BERNARDET (LGA)

Le modèle de "réaction d’hypersensibilité retardée" (Delayed Type Hypersensibility, DTH), développé chez le primate non humain, est basé sur le mécanisme de réponse immune mémoire à un vaccin. Dans ce modèle, la lecture du test s’effectue de façon cutanée par intradermoréaction (IDR) à la tuberculine après vaccination contre BCGG. Le principe de ce modèle est de pouvoir évaluer de manière peu invasive dans un modèle préclinique, le pouvoir thérapeutique et l’efficacité de nouvelles stratégies d’immunorégulation. Après une 1ère IDR témoin propre à chaque animal, l’érythème cutané est mesuré selon la taille, l’intensité et la durée. Après injection unique de la molécule d’intérêt, les IDR suivantes sont mesurées jusqu’au retour à l’identique des paramètres de l’IDR témoin. De plus, de manière à respecter la règle des 3R, une pharmacocinétique et pharmacodynamique de la molécule peut être évaluée chez le même animal en parallèle de la DTH, permettant d’obtenir un maximum d’informations en utilisant un nombre réduit d’animaux.
Développement et formulations originales pour le transfert d'acides nucléiques et de molécules thérapeutiques par Tristan MONTIER (SynNanoVect), Brice CALVIGNAC (UMR1066 MINT)

La plate-forme SynNanoVect propose une large gamme de vecteurs synthétiques dédiés au transfert de constructions d’acides nucléiques ou de molécules thérapeutiques pour des applications in vitro ou in vivo. Elle offre également un service de caractérisation physico-chimique et de formulations des nanocomplexes. Ce savoir-faire et ces compétences originales permettent notamment de concevoir des systèmes de vectorisation à façon. Parallèlement, des équipements de bioluminescence sont disponibles pour l’évaluation de l’efficacité des complexes et/ou la visualisation de la bio-distribution des nano-objets par fluorescence. Nous disposons également des appareils permettant de mesurer l’impact toxicologique et inflammatoire des formulations chez le petit animal. Notre plate-forme dispose aussi d’un plateau technique d’électroporation pour lequel des formations sont proposées. Dans le cadre de cet atelier, SynNanoVect présentera ses dernières nouveautés en termes de vecteurs, de capacités de formulation et de caractérisations physico-chimiques.
Catalyser la mise en évidence de nouveaux produits naturels marins bioactifs autour de l’étude des micromycètes marins par Valentin FOULON (projet fédérateur CatalyMar, Biogenouest)

CatalyMar est un projet fédérateur interrégional Bretagne et Pays de la Loire, initié entre 9 plates-formes impliquées dans plusieurs axes du réseau Biogenouest (Exploration fonctionnelle, Protéomique, Analyse structurale et métabolomique, Bio-informatique). L’animation de ce groupe de travail a pour vocation de dynamiser les échanges et la réflexion autour d’une source de biomolécules innovante encore sous-exploitée : les micromycètes marins. L’objectif de ce réseau est de permettre la mise en place d’un pipeline de bioprospection et de valorisation des micromycètes marins. Le réseau CatlyMar a pour vocation d’être pérennisé et élargi au-delà de la région Grand Ouest et la preuve de concept pourra être à terme transposée à de multiples ressources naturelles.
Photomanipulation : applications en biologie par Stéphanie DUTERTRE et Xavier PINSON (MRic)

La photomanipulation est une technique en microscopie photonique permettant de suivre des phénomènes dynamiques dans les cellules. Les applications sont nombreuses parmi lesquelles, le suivi de la dynamique de protéines fluorescentes au sein de cellules, l’analyse de la visco-élasticité de membrane, l’induction de dommages à l’ADN ou la destruction de structures cellulaires (centrosome, microtubule, membrane…). Durant cet atelier, nous présenterons des exemples d’applications de photomanipulation.
Les plates-formes de recherche : un potentiel de collaborations et d’innovation par Alice VANHOUTTE-BRUNIER (Campus mondial de la mer), Fabienne LE GRAND (Lipidocéan), Christophe BRIGAUDEAU (CalciScreen) et Charlotte CORPOREAU (Ifremer)

La communauté du Campus mondial de la mer concentre de nombreuses plates-formes de recherche recensées dans le portail des infrastructures et équipements de recherche de la mer. Cette communauté scientifique ouverte aux projets et collaborations, développe des projets avec d’autres équipes de recherche, mais également avec des acteurs socio-économiques. Ceux-ci peuvent accéder aux outils et à l’expertise scientifique par la recherche partenariale ou par des prestations. Sous-forme de témoignages, des exemples viendront illustrer les bénéfices réciproques retirés de l’usage des plates-formes de recherche : CalciScreen et l’IFREMER collaborent dans le cadre du projet MOLLUSC avec le soutien financier de la Fondation ARC.
10h55 - 11h15 Pause café
11h20 - 11h55 Contributions des plates-formes IMPACT et ImPACcell au développement de 'petites molécules à visée thérapeutique par Pierre WEIGEL (Impact), Rémy LE GUEVEL (ImPACcell)

Le développement de nouvelles molécules d’intérêt thérapeutique nécessite la prise en compte des capacités d’interaction et d’accessibilité à la cible protéique concernée. Lors de cet atelier, nous illustrerons les contributions de la plate-forme d’analyse du contenu cellulaire ImPACcell et de la plate-forme de protéomique fonctionnelle IMPACT dans des programmes de Phase 1 du développement de nouveaux agents thérapeutiques. De la validation à la caractérisation des interactions, en passant par l’évaluation de la perméabilité cellulaire, les compétences spécifiques des plates-formes IMPACT et ImPACcell permettent de consolider et de valoriser les programmes scientifiques engagés dans cette voie.
Protéogénomique : quand la protéomique aide à annoter les génomes par Laetitia CLOAREC (UMR1085 IRSET), Emmanuelle COM (Protim)

L’annotation précise des génomes eucaryotes reste un toujours un défi majeur. L’avènement de technologies omiques comme la transcriptomique ou la protéomique peuvent aider cette annotation en mettant en évidence de nouvelles zones du génome qui sont exprimées ou codantes. Cet atelier vous présentera les méthodes bio-informatiques de protéogénomique développées sur la plate-forme Protim pour corriger des zones codantes de génomes, avec des résultats obtenus chez l’algue brune Ectocarpus siliculosus et chez l’humain.
Mesure d'interaction entre ligands et cibles kinases par thermophorèse (MST, Microscale Thermophoresis) par Thomas ROBERT et Dorian LEFEBVRE (KISSf)

La compréhension des mécanismes physiologiques et la découverte de nouvelles molécules thérapeutiques impliquent de savoir quantifier des interactions entre molécules. La Microscale Thermophoresis ou Thermophorèse à micro-echelle (MST) est une méthode permettant des mesures de constantes de dissociation (Kd) reposant sur le principe d’évaluation du changement de fluorescence suite à une modification de température induite par un laser IR. Le mouvement des molécules ainsi que des modifications d’environnement du senseur seront observés. Nous vous présenterons au cours cet atelier les caractéristiques de cette méthode illustrée par une application.
Parlez-moi PET par Michel CHEREL (Arronax)

La tomographie par émission de positon peut permettre de visualiser de très nombreux processus biologiques. Présentation de l’imagerie nucléaire préclinique.
The microinjection of luciferase reporter genes in sea urchin eggs allows measuring the in vivo specific translational activity of mRNA UTRs par Florian PONTHEAUX (Merimage)

Translation is highly regulated. A failure can lead to diseases and cancers. Unfertilized sea urchin eggs show no translation and fertilization will trigger a strong increase of translation to allow cell division. The translatome analysis around fertilisation in sea urchin (Chassé et al. 2018) revealed a specific recruitment of mRNAs in the translational machinery. To decipher this specificity, we wanted to see the influence of specific untranslated regions (UTRs) from mRNAs. Thus, we developed a material and molecular technique to measure the in vivo translational activity brought by these UTRs (Chassé et al. 2019). The RNA coding sequence of Luciferase reporters are flanked by UTRs of interest. mRNAs are microinjected into sea urchin eggs. Luciferases are then translated in fertilized eggs under influence of UTRs. To easily read Luciferase luminescence, eggs are previously aligned and microinjected on a particular glassware set-up hand assembled. This set-up allows to manipulate eggs between dishes and tubes (e.g. luciferase reagent). In vivo translational activity of specific UTR can now be unravelled in physiological conditions.
Projet MoDal "Multiscale Data Links" : décloisonner les problématiques autour du croisement de données hétérogènes en biologie par Aurélien CORNET (projet fédérateur MoDal, Biogenouest)

Les recherches explorant le domaine du vivant sont confrontées de manière croissante au besoin de devoir lier des données hétérogènes, comme par exemple des données d'imagerie avec des données de séquençage. Le projet MoDal a 3 objectifs : i) faire un état des lieux des différentes problématiques autour de cette thématique auprès des acteurs du Grand Ouest, afin d'identifier des verrous communs ; ii) développer un démonstrateur technologique adressant le ou les verrous identifiés ; et iii) animer et fédérer une communauté scientifique autour de ces problématiques.
12h00 - 12h45

Conférence plénière n°2 : Apports des nouvelles technologies de séquençage (NGS) dans la gestion de la pollution fécale des milieux aquatiques et la dissémination de bactéries pathogènes associées
par Amine BOUKERB, LMSM EA4312 - Université de Rouen Normandie.

12h45 - 13h30 Cocktail déjeunatoire
13h30 - 14h00 Session posters
14h00 - 14h30 Pitch Partenaires - Auditorium
14h30 - 15h05 Exploration par marquage isotopique de la diversité des bactéries marines dégradant l'alginate des macroalgues par François THOMAS (UMR8227 LBI2M)

Le recyclage de la biomasse des macroalgues constitue un verrou dans les transferts trophiques des écosystèmes côtiers, dont les mécanismes précis demeurent largement incompris. Il repose sur des communautés microbiennes dégradant les composés algaux. Cette étude vise à développer le marquage isotopique pour explorer la diversité des bactéries marines dégradant l'alginate, un polysaccharide majeur des algues brunes. La mise au point d'un nouveau protocole de marquage en continu de l'algue brune Laminaria digitata au 13C-bicarbonate a permis de purifier pour la première fois des polysaccharides macroalgaux enrichis jusqu'à δ13C = 2350‰. Pour identifier les populations bactériennes alginolytiques, une approche DNA-SIP (Stable Isotope Probing) a été suivie. De l'eau de mer a été incubée avec de l'alginate naturel ou marqué au 13C, en respectant une faible concentration de substrat (~600 µM de carbone) proche de celle de la matière organique dissoute retrouvée sur les champs d'algues. Après 48 h (~3.107 cellules par mL), l'ADN total a été extrait et résolu sur gradient de densité par ultracentrifugation, pour séparer les fractions d'ADN 12C et 13C. Les communautés bactériennes ont été analysées dans chaque fraction par metabarcoding du gène de l'ARNr 16S. Cette stratégie permet de révéler avec précision les taxons ayant incorporé l'alginate 13C, en détectant les OTUs dont l'abondance diffère entre les fractions issues d'échantillons marqués et les fractions contrôles équivalentes. Cette approche a été combinée avec (i) une cartographie chimique NanoSIMS, pour visualiser au niveau cellulaire l'incorporation du 13C dans des taxons sélectionnés et (ii) un criblage de banques métagénomiques pour révéler les gènes clés des populations actives. Cette étude pionnière couplant le marquage isotopique de macroalgues à la métagénomique et l'imagerie en spectrométrie de masse, fournit une vue encore inégalée sur les bactéries marines impliquées dans la dégradation in situ et leurs rôles au sein des réseaux trophiques.
Comprendre la matière par la cristallographie par Thomas RORET (CristalO)

La cristallographie est la science qui se consacre à l'étude de la composition moléculaire des cristaux. Sur la plate-forme CristalO, nous réalisons la cristallisation et la caractérisation structurale à l’échelle atomique d’interactions protéine-protéine ou protéine-ligand (ADN, cofacteur, inhibiteur, substrat…) au sein d’un processus long et complexe. L’intérêt d’utiliser la cristallographie aux rayons X pour ce genre d’étude sera présenté par des exemples d’expérimentations réalisées à très haute résolution au sein de la plate-forme.
Système In-Fusion®, système de clonage simple et efficace aux multiples facettes par Sébastien BONI (LentiVec), Isabelle AUFORT (OZYME)

Les techniques de clonages moléculaires d’acides nucléiques dites « classiques » se révèlent aujourd’hui bien moins efficaces qu'auparavant dans les résultats et offrent surtout beaucoup moins de souplesse. Outre les résultats bien plus efficaces, obtenus avec le système In-Fusion®, cette technologie offre une procédure bien plus rapide dans sa réalisation et permet de répondre à des impératifs bien plus complexes. Le système In-Fusion® permet par exemple, de réaliser de façon efficace et rapide, des clonages à plusieurs fragments en une seule étape, contrairement aux techniques dites « classiques ». Enfin, la technologie In-Fusion®, permet l’insertion de mutation précise dans une séquence d’ADN de façon plus rapide et efficace.
Taitement et analyse de lames histologiques numérisées (reconstruction 3D et machine learning) par Nicolas MOUCHET et Alain FAUTREL (H2P2)

La reconstruction 3D et le machine learning sont les nouveaux outils à disposition actuellement pour traiter, analyser les images issues de microscopies ou de scanners. Sur la plate-forme H2P2, nous disposons des logiciels Amira (ThermoFisher), Halo (Indicalab) et d’un scanner confocal (3DHistech) qui permettent une étude approfondie des images des échantillons. L’atelier permettra, à partir d’images issues de lames histologiques, de reconstruire en 3D l’image de l’échantillon de départ en utilisant des outils d’alignement, de segmentation et donc de reconnaissance d’objets/zones par apprentissage. Ces outils permettront ensuite de calculer des quantités d’objets d’intérêt et des surfaces.
La microcopie électronique à balayage environnementale pour l’étude de la matière molle par Bruno NOVALES (BIBS)

Les systèmes biologiques étudiés par la plate-forme BIBS sont des systèmes complexes. Ce sont en effet généralement des systèmes hydratés ou en milieu liquide, mous et fragiles, dans lesquels l’eau joue un rôle direct sur les structures et propriétés (mécaniques, physico-chimiques…). La microcopie électronique à balayage (MEB) est devenue une technique de routine pour l’étude de nombreux échantillons à une résolution pouvant aller jusqu’au nanomètre. Cependant, elle impose l’utilisation de vide poussé conduisant à une forte dégradation des matériaux organiques. Les microscopes électroniques à balayage en mode environnemental peuvent pallier à cet inconvénient. Ces microscopes permettent l’observation des échantillons dans leur état d’hydratation naturel avec un minimum de préparation. Dans cet atelier, nous présenterons l’intérêt de ce type de microscopie à travers des exemples d’applications développés au sein de la plate-forme BIBS pour la caractérisation d’échantillons organiques hydratés (matériaux frais et humides, aérogels, émulsions…).
Présentation du nouveau noeud Bretagne-Loire de l'infrastructure France Bio-Imaging : microscopie pour le préclinique par Marc TRAMIER (MRic), Marie-Anne COLLE (APEX), Perrine PAUL-GILLOTEAUX (MicroPICell), Alain FAUTREL (H2P2)

France Bio Imaging (FBI) est une Infrastructure Nationale en Biologie Santé créée en 2012 qui a pour ambition de développer, diffuser et fournir l'accès aux dernières innovations technologiques et méthodologiques en imagerie cellulaire pour les sciences du vivant. Il est le pendant français de l'infrastructure européenne EuroBioImaging. En 2020, le nœud Bretagne-Loire constitué des 4 plates-formes d'imagerie cellulaire de l'axe Bio-imagerie de Biogenouest, APEX, H2P2, MicroPicell et MRic et leurs équipes R&D associées, a intégré le dispositif FBI. Dans cet atelier, nous détaillerons les missions et l'organisation de l'infrastructure et nous présenterons le projet de microscopie pour le préclinique porté par ce nouveau noeud du grand Ouest.
15h10 - 15h45 Contrôle de la qualité et de la stabilité des protéines et application au criblage de complexes CMH/peptide à l'aide de la technologie de la nanoDSF par Frédéric PECORARI et Karine BERNARDEAU (P2R)

La plate-forme P2R met en place une technologie innovante d'analyse de la stabilité et de l'agrégation des protéines à ultra-haute résolution : la “nano differential scanning fluorimetry” ou nanoDSF (technologie brevetée et exclusive au fabriquant Nanotemper). Par le suivi de la fluorescence intrinsèque de la protéine (tryptophanes et tyrosines) sur une gamme de température, cette technique permet de déterminer sans marquage supplémentaire, la stabilité des protéines en évaluant la température de dénaturation (Tm) à laquelle la protéine est dénaturée à 50% sans marquage préalable de la protéine. Grâce à cette approche, de nombreuses applications sont offertes notamment pour le contrôle qualité des protéines en permettant de cribler rapidement les conditions de stockage d’une protéine (tampons, additifs, température de stockage, pH…), d’évaluer la présence d’agrégats, ou de comparer des lots de production. Pour illustrer, la plate-forme P2R présentera une application de la nanoDSF à un projet de R&D d’étude de la stabilité de complexes CMH/peptide pour le criblage de néo-épitopes dans le cancer colorectal.
Projet de différenciation de cellules souches en cellules neuronales par Laurent DAVID (iPSC)

Mise en place de projets de différenciation au sein de la plate-forme iPSC : l'exemple des organoides cérébraux.
Le marquage isotopique de molécules : un atout pour la recherche académique interdisciplinaire par Arnaud TESSIER et Matthieu RIVIERE (CHEM-Symbiose)

Les composés à visée thérapeutique marqués par des isotopes stables (2H, 13C, 14N, 18O...) sont principalement utilisés comme traceurs biologiques pour des études de pharmacocinétique ou de métabolisme. Il en est de même dans les domaines agronomique ou agroalimentaire, où ces molécules marquées pourront aussi être exploitées comme étalon analytique pour des dosages spécifiques (contaminants, dopage…). La plate-forme CHEM-Symbiose a répondu au besoin de laboratoires académiques, en synthétisant des molécules originales, marquées par des isotopes non-radioactifs, sur des positions spécifiques de la molécule d’intérêt.
Plate-forme Cytocell : repousser les limites de la cytométrie en flux vers des analyses à 32 paramètres avec le BD Symphony A5.2 par Nicolas JOUAND (Cytocell)

La cytométrie en flux est une technologie multiparamétrique de pointe, permettant d’effectuer l’analyse à haut-débit de millions de cellules uniques en suspension. En plus de paramètres morphologiques liés à la taille et la complexité intracellulaire, de nombreuses cibles antigéniques peuvent être analysées par cellule : protéines de surface, intracytoplasmique, intranucléaire, facteurs de transcription, phosphoprotéines, des ARNm etc… La Plate-forme de cytométrie et tri cellulaire Cytocell de Nantes met à disposition de la communauté scientifique du Grand Ouest ses compétences en tant que partenaire dans la mise en place de projets exploitant son parc de cytomètres dont le BD Symphony A5.2. Elle apporte ainsi son savoir-faire en formation, accompagnement, conseils et en s’impliquant dans la mise en place de protocoles et panels 2-30 couleurs standardisés. Au cours de cette présentation, l’objectif sera de présenter dans un premier temps le BD Symphony A5.2, cytomètre de nouvelle génération avec une sensibilité accrue et une capacité de détecter et mesurer jusqu’à 32 paramètres par cellule unique, et dans un second temps, d’aborder les méthodes et problématiques de mise en place de panels multicouleurs standardisés. Ainsi les points suivants seront détaillés durant cet exposé : mise en place des matrices de travail (compensation, étalement, perte de résolution), design théorique des panels, méthodologie de mise au point des panels et de standardisation de l’équipement.
Functional NIRS : principles and applications in neuro-imaging par Hector GARCIA (Empenn U1228 - plate-forme Neurinfo)

Functional Near Infrared Spectroscopy (fNIRS) is a novel technique that allows brain mapping and hemodynamic response registration associated with neuron activation, in a rather cheap and portable manner. It is the only technique that allows quantification of changes in oxy-, deoxy- and total hemoglobin concentrations, and due to its versatility in doing so, it has found many interesting applications in a wide variety of fields, such as ergonomics, movement and sports sciences; and, of course, cognitive and clinical neuroscience as in neurodevelopment, language development, cognitive aging, cognitive fatigue, attention deficit, traumatic brain injury, stroke, dementia, psychiatric disorders and brain-computer interfaces. In this talk, we will present the principles of NIRS and an overview of its applications in neurosciences. We will also present preliminary work performed at the Neurinfo platform with a newly acquired MRI and EEG-compatible fNIRS equipment.
Packaging et containerisation en bio-informatique par Anthony BRETAUDEAU (GenOuest)

En bio-informatique, des modifications profondes des pratiques dans l'installation, l'utilisation et le partage de logiciels sont apparues ces dernières années. Différentes technologies de packaging et de containerisation (Conda, Docker, Singularity, ...) permettent d'automatiser et fiabiliser le déploiement d'applications, et d'améliorer la reproductibilité des analyses informatiques. Au cours de cet atelier, nous présenterons brièvement ces technologies et la façon dont elles sont utilisables sur la plate-forme GenOuest : utilisation sur le cluster de calcul, ou création de portails webs génomiques dans le cadre du projet Genodock.
15h50 - 16h35

Conférence plénière n°3 : XXX
par XXX (XXX)

16h35 Discours de clôture
16h45 Café de clôture

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