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Recherche de similarités

Recherche de similarités entre différentes séquences personnelles ou contre un banque publique (alignement,...)

Disponible sur GenOuest

  • Blast (ADN ou protéine)

    Accès : Blast

    Recherche de séquences similaires dans des banques de séquences publiques ou personnelles.

  • HMMER

    HMMER est un ensemble d’outils basés sur l’utilisation des modèles de Markov cachés (HMM).

  • Koriblast

    Koriblast est un environnement graphique d’analyse de séquences avec Blast.

  • PLAST

    Accès : Informations

    Outil d’alignement parallèle, utilisé pour comparer 2 banques , plus rapide que le NCBI-blast

  • PSI-BLAST : Position Specific Iterative BLAST

    Accès : PSI-BLAST

    PSI-BLAST permet de faire une recherche itérative basée sur BLAST.

Outils externes

  • BLAST NCBI  

    Formulaire BLAST hébergé par le NCBI. Même principe que le formulaire GenOuest.

  • Dotlet  

    Outil permettant d’obtenir des diagrammes d’alignement.

  • LALIGN  

    LALIGN compare 2 séquences (protéiques ou nucléiques) pour trouver des alignements locaux non-chevauchant. LALIGN fournit les alignements et les scores de similarités.

  • ParAlign  

    Outil sensible permettant de détecter des similarités entre séquences, tout en utilisant du calcul parallèle. Plus sensible que BLAST et presque aussi rapide.

  • PipMaker  

    Recherche de similarités entre deux séquences nucléiques.

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