Une plateforme intégrée pour la recherche et la découverte de motifs
Disponible sur GenOuest
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Blast (ADN ou protéine)
Accès : BlastRecherche de séquences similaires dans des banques de séquences publiques ou personnelles.
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HMMER
HMMER est un ensemble d’outils basés sur l’utilisation des modèles de Markov cachés (HMM).
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Koriblast
Koriblast est un environnement graphique d’analyse de séquences avec Blast.
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PLAST
Accès : InformationsOutil d’alignement parallèle, utilisé pour comparer 2 banques , plus rapide que le NCBI-blast
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PSI-BLAST : Position Specific Iterative BLAST
Accès : PSI-BLASTPSI-BLAST permet de faire une recherche itérative basée sur BLAST.
Outils externes
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BLAST NCBI
Formulaire BLAST hébergé par le NCBI. Même principe que le formulaire GenOuest.
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Dotlet
Outil permettant d’obtenir des diagrammes d’alignement.
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LALIGN
LALIGN compare 2 séquences (protéiques ou nucléiques) pour trouver des alignements locaux non-chevauchant. LALIGN fournit les alignements et les scores de similarités.
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ParAlign
Outil sensible permettant de détecter des similarités entre séquences, tout en utilisant du calcul parallèle. Plus sensible que BLAST et presque aussi rapide.
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PipMaker
Recherche de similarités entre deux séquences nucléiques.




