Une plateforme intégrée pour la recherche et la découverte de motifs
Sous-rubriques
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Accès aux outils bio-informatiques
Accès aux ressources de calcul et à la grille
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Découverte de motifs
Découverte de motifs dans des séquences nucléiques ou protéiques sur des banques personnelles ou publiques.
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Recherche de motifs et modèles
Outils de recherche de motifs et de modèles au sein d’une ou plusieurs séquences nucléiques ou protéiques
- Analyse et recherche de zones promotrices
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Recherche de similarités
Recherche de similarités entre différentes séquences personnelles ou contre un banque publique (alignement,...)
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Alignements de séquences
Alignements de séquences par différents algorithmes
- Contig, assemblage d’ESTs
- Clustering
- Identification de gènes
- Modulome : Découpage des séquences génomiques en modules
- Transcriptome : Etude de l’expression des gènes
- Protéome : Analyse et identification de séquences protéiques
- Structures et repliements
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Phylogénie
Regroupement des êtres vivants en fonction de leurs liens de parenté via différents algorithmes.
- Package EMBOSS
- Génération d’amorces
- Annotation, ontologies et connaissances
- Analyse de QTL
- Comparaison de génomes
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Réseaux d’interactions
Construction et/ou analyse de réseaux d’interaction
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Utilitaires
Outils divers pour manipuler les séquences, transformer des données,...
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Services web
La plateforme fournit un ensemble de services web accessibles librement.
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NGS : Next Generation Sequencing
Outils pour le traitement des données issues des nouvelles générations de séquenceurs.




