NGS : Next Generation Sequencing

Disponible sur GenOuest

• Amos

  Contient un ensemble d’outils pour manipuler, traiter et analyser les données issus de NGS (excepté Hawkeye).

• Bowtie

  Alignement de short reads.

• Maq

  Assembleur pour des données issus d’Illumina (et d’ABI SOLiD).

• MetaSim

  Générateur de reads ou de mate-pairs à partir d’un modèle d’erreur de séquençage adaptable (Sanger, 454 ou Illumina) et d’une base de données.

• Mira

  Assembleur pour des données issus de Sanger, 454 ou Illumina.

• Mummer

  Alignement de très grandes séquences (à l’échelle d’un génome entier) nucléotidiques ou protéiques.

• Newbler

  La suite Roche contenant gsAssembler, gsMapper, gsAmplicon...

• Oases

  Assemblage de novo de transcriptome pour short reads.

• Pindel

  Permet de détecter des délétions ou des insertions de taille moyenne à large sur des short reads pairés issus d’Illumina.

• Soap2

  Alignement de short reads générés par Illumina sur une séquence référente.

• Soapdenovo

  Assemblage de novo de shorts reads générés par Illumina.

• Tablet

  Outil de visualisation d’alignements et d’assemblages issues des NGS.

• TopHat

  Alignement de reads issus de RNA-seq en utilisant Bowtie. Permet d’identifier des “splice junctions” entre exons.

• Velvet

  Assemblage de very short reads.