Analyse et recherche de zones promotrices

Outils externes

• AtTFDB  

  Environnement Web multi-services qui utilise une base de données de promoteur de A. thaliana

• CEPDB  

  Environnement Web multi-services qui utilise une base de données de promoteur de C. elegans.

• Dragon Genome Explorer  

  Environnement Web multi-services pour l’analyse et extraction de données biologiques DNA ou cDNA/RNA/EST. Il propose un extracteur de promoteurs qui prend en entrée une séquence nucléique (tous les formats sont acceptés). Il identifie la région promotrice en exploitant sa composition. Il permet également de faire de la découverte de motifs : il prend en entrée un jeu de séquences et propose différents algorithmes.

  Format : expressions régulières Organismes : vertébrés

• FlyReg  

  Drosophila DNase I Footprint Database (v2.0)

• PromoSer  

  Extraction de promoteurs Prend en entrée une liste d’identifiants. Utilise GeneBank (dbEST), RefSeq, DBTSS, les cDNA complet d’humain de IMS (Japon) et EPD(Eukariotic promoter database) pour trouver les promoteurs. Organismes : Humain, souris, rat

• RSA Tools  

  Environnement Web multi-services qui comprend un extracteur de promoteurs qui prend en entrée des noms de gènes ou IDs. Il aligne des séquences d’ARNm sur le génome et retient la région en amont. Il permet également de la recherche et découverte de motifs sous le format de matrice ou au d’expression régulières. Il propose des outils de conversion de formats, etc. Format : expressions régulières et matrices

• SCPD  

  Environnement Web multi-services qui utilise une base de données de promoteur de S. cerevisiae.

• Toucan2  

  Environnement Web multi-services : Il fait de la génomique comparative, de la détection de sites de fixation de facteurs de transcription et de la détection de modules de cis-régulation dans un jeu de gènes corégulés. Il inclut les logiciels : MotifScanner, MotifLocator, ModuleSearcher, ModuleScanner, MotifSampler, AVID, LAGAN, BLASTZ, FootPrinter, Consensus, Match.

  Format : Expressions régulières et Matrices Organisme : Homo sapiens

• TRED  

  Environnement Web multi-services qui comprend un extracteur de promoteurs qui prend en entrée des IDs ou noms de gènes et utilise les baqnues EPD et DBTSS pour rechercher les promoteurs ainsi que de la prédiction par alignement mRNA/EST et la comparaison inter-espèce. Ensuite des outils permettent de checher des motifs de facteurs de transcription (FT) : format Transfac ou nom de FT et de chercher des gènes cibles de FT : format Transfac ou nom de FT, et organisme. Enfin, des outils de recherche de motifs pour tous les formats sont également proposés, des outils de recherche d’orthologues, etc.

  Format : expressions régulières et matrices Organismes : Humain, rat, souris