GenOuest BioInformatics Platform

Annonce du projet Dr Motifs

Anthony Bretaudeau — 2010-05-20T14:40:27Z

Un nouveau projet de plateforme intégrée pour la recherche et la découverte de motifs a été lancé. Le but est de proposer un site web de référence regroupant les ressources les plus pertinentes pour l'analyse de motif : outils, aide à leur utilisation, workflows prêts à l'utilisation pour les tâches les plus courantes, ...

Un site web est d'ores et déjà disponible : http://drmotifs.genouest.org. Vous y trouverez des informations sur l'avancement du projet, de l'aide à l'utilisation des outils, et des informations plus générales sur l'étude des motifs.

3ème journée "Génomique Intégrative" Biogenouest

Anthony Bretaudeau — 2010-05-17T08:51:50Z

La 3ème journée scientifique du projet fédérateur « Génomique intégrative » organisée par Biogenouest se tiendra à l'IRTUN de Nantes le 28 Juin 2010 (Amphithéâtre Denis Escande, 8 quai Moncousu).

L'inscription est gratuite mais obligatoire pour des raisons logistiques. Merci. (Date limite d'inscription jeudi 18 Juin 2010)

Pour plus de détails sur le projet : http://int-gen.genouest.org/

Pré-programme - Lundi 28 Juin 2010 - IRTUN Nantes

9h30 accueil des participants

10h-12h30 Ontologies : des molécules aux phénotypes en passant par les méta-génomes

10h00-11h00 Présentations de Anita Burgun(U936, Rennes), Olivier Dameron(U936, Rennes), Philippe Vandenkoornhuyse (CAREN, Rennes)

11h-12h30 Table ronde

12h30-14h Buffet déjeunatoire

14h-16h30 Statistiques et intégration des données

14h-15h Présentations de David Causeur (AgroCampus, Rennes) ; Christian Dina (IRTUN, Nantes), Mathieu Emily (Univ. Rennes II, Rennes)

15h-16h30 Table ronde

16h30-17h Synthèse sur les avancés du projet

De nouveaux outils pour les données NGS (Next Generation Sequencing)

Anthony Bretaudeau — 2010-05-11T14:11:25Z

La plateforme GenOuest met à votre disposition de nouveaux outils pour l'analyse de données issues des séquenceurs nouvelle génération : assemblage, alignements, analyse d'amplicons, ... Les outils suivants sont maintenant disponibles sur nos machines de calcul (genocluster2) :

Amos
Bowtie
Maq
MetaSim
Mira
Mummer
Newbler
Oases
Pindel
Soap2
Soapdenovo
Tablet
TopHat
Velvet

Les descriptions de tous ces outils sont regroupés sur une page dédiée aux NGS.

Atelier ReNaBi : mission des plates-formes bioinformatiques

Olivier Collin — 2010-03-12T19:37:33Z

Les 17 - 18 mars 2010 au Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux, la plate-forme GenOuest participera à l'atelier intitulé "Plate-formes bioinformatiques : missions, prestations et démarche qualité".

Deux membres de la plate-forme participeront à cet atelier, Ludmila Sarbu et Olivier Collin.

La première journée de cet atelier est consacrée aux "missions et prestations" des plates-formes. Cela permettra de mettre en commun les expériences, les savoir-faire et d'explorer les perspectives de mutualisation/coordination pour chaque type de mission. Les missions qui seront abordées sont :

Animation et Formation
Mise à disposition de moyens de calculs
Prestations de services spécialisés
Prestations de services personnalisés
Maintien de ressources (bases de données, services en ligne)

La deuxième journée est consacrée à la démarche qualité avec l'objectif de faire un point sur l'avancement des plate-formes et de mettre en commun les expériences pré et post certifications. Les questions qui pourront être abordées sont :

Démarche qualité...sans certification ?
Difficulté pour l'obtention de la certification ?
Et après la certification... ?

2ème journée "Génomique Intégrative" Biogenouest

Anthony Bretaudeau — 2010-03-12T09:16:52Z

La 2ème journée scientifique du projet fédérateur « Génomique intégrative » organisée par Biogenouest se tiendra à l'IRTUN de Nantes le 8 avril 2010 (IRTUN, 8 quai Moncousu 44007 Nantes, amphithéâtre Denis Escande).

Pour plus de détails sur le projet : http://int-gen.genouest.org/

L'inscription est gratuite mais obligatoire pour des raisons logistiques. Merci. (Date limite d'inscription jeudi 1 avril 2010)

programme - Jeudi 8 Avril 2010 - IRTUN Nantes

9h30 accueil des participants

10h-12h30 Définition d'un identifiant commun inter-plateforme et problématique des génomes mal ou non-annotés
10h-10h50 Table ronde sur la définition d'un référentiel commun pour identifier les objets biologiques entre les plateformes. Animée par Rémi Houlgatte et Charles Pineau.
10h50-12h30 Exposés sur les problématiques de l'intégration des données

10h50-11h15 Dominique Tessier (INRA Nantes)
11h15-11h40 Laurence Hybrand Saint-Oyant (INRA Angers)
11h40-12h05 Alexis Dufresnes (CAREN)
12h05-12h30 Daniel Baron (INSERM NANTES)

12h30-14h30 Buffet déjeunatoire

14h30-17h Outils pour la génomique intégrative, problématiques et applications

14h30-15h00 AMEN : Frédéric Chalmel (INSERM Rennes)
15h00-15h30 ISA.infrastructure : Nolwenn Le Meur (Biogenouest)
Pause café (15 min)
Exemples d'applications
15h45-16h10 Solennes Carrat (INSERM NANTES)
16h10-16h35 Olivier Roux et Loïc Paulevé (IRCCyn NANTES)

GenOuest sur votre mobile

Olivier Sallou — 2010-03-08T12:55:20Z

Le site est maintenant également disponible dans une version spécialement adaptée au téléphone mobiles m.genouest.org.

- Nouvelles

Mise à disposition de POGG

Olivier Sallou — 2010-03-05T11:47:55Z

Le logiciel POGG permet de déterminer des probabilités sur les interactions entre des gènes symbolisés par des transitions et des états. Le logiciel permet de répondre à plusieurs questions qui sont :
accéder à un état ou un chemin en une durée donnée
probabilité de passer au moins une fois par un état ou un chemin
probabilité de passer une fois et une seule par un état ou un chemin
probabilité de ne pas passer par un état ou un chemin

Demi-journée thématique "modélisation" Symbiose

Anthony Bretaudeau — 2010-03-03T16:50:00Z

Dans le cadre de l'animation Biogenouest, l'équipe Symbiose organise une demi-journée sur le thème de la « modélisation ». Cette demi-journée aura lieu le 25 mars 2010 de 13h45 à 17h30 à l'IRISA de Rennes (salle Jersey, bâtiment IFSIC).

Cette demi-journée a pour but de sensibiliser biologistes, informaticiens, et mathématiciens aux approches par modélisation en biologie afin de promouvoir et créer des interactions. Les orateurs illustreront par exemple comment acquérir des données pour ensuite modéliser et comment la modélisation peut aider le biologiste à intégrer ses données, à différentes échelles biologiques.

L'inscription est gratuite mais obligatoire pour des raisons logistiques (date limite : 18 Mars 2010). Merci.

Programme

Programme complet

Denis Thieffry
Faculté des Sciences de Luminy (Aix-Marseille), département de biologie computationnelle, TAGC.
Title : Diversity and plasticity of Th cell types predicted from regulatory network modelling

Mathieu Piel
Institut Curie, Unité Compartimentation et dynamique cellulaires, Equipe Biologie cellulaire systémique de la polarité et de la division
Title : Simple micro-tools to study complex cell behaviors : from yeast morphogenesis to dendritic cell migration and orientation of the mitotic spindle in mammalian cells

Damier Eveillard
Université de Nantes, Computational Biology group, LINA - UMR CNRS 6241
Title : Modeling biological systems : bridging the gap between formalisms and biological contexts.

Mise à jour d'interproscan v4.6 et Hmmer 3

Olivier Sallou — 2010-02-05T10:27:37Z

Les banques InterPro intègre PROSITE, PRINTS, Pfam, ProDom, SMART , TIGRFAMs, PIR superfamily, SUPERFAMILY Gene3D , PANTHER et HAMAP. L'outil est disponible en ligne.

Mise à jour d'interproscan avec interruption ce soir

Olivier Sallou — 2010-01-18T10:06:13Z

Une mise à jour de l'outil interproscan entrainant une indisponibilité temporaire aura lieu ce soir.

- Nouvelles