Biogenouest Gen2Bio  

Gen2Bio 2019

Agro

Jeudi 14 mars 2019
Angers (49), Centre d'Affaires Terra Botanica

Affiche Gen2Bio

Gen2Bio, le congrès annuel Biotech organisé par Biogenouest, s’adresse à tous les acteurs des sciences du vivant et de l'environnement : laboratoires de recherche, entreprises innovantes, acteurs de la valorisation (SATT, pôles de compétitivité, technopoles, centres d'innovation technologique...).

Cette 12ème édition aura pour fil rouge L'Agronomie pour les conférences plénières.

L'entrée à Gen2Bio est libre mais l'inscription obligatoire.

ATTENTION : aucun participant ne sera admis aux ateliers thématiques sans s'y être préalablement inscrit.

Le déjeuner est offert par Biogenouest (inscription obligatoire).

Plan d'accès à Gen2Bio, cliquez ici.

Formulaire d'inscription
Date limite d'inscription : Jeudi 7 mars 2019


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Je souhaite également m'inscrire pour présenter un poster lors de la session dédiée de Gen2Bio (date limite d'inscription : 15 février 2019)

Je m'inscris à Gen2Bio 2019 (gratuit) : accès aux conférences, ateliers thématiques, exposition, pauses-café.

Je m'inscris au déjeuner (gratuit mais inscription obligatoire).

J’accepte d’être recontacté(e) par courriel pour les prochains congrès Gen2Bio.

J’accepte que mon courriel soit transmis aux autres participants et exposants du congrès Gen2Bio.




Les ateliers durent 35 minutes, vous pouvez vous inscrire à 1 atelier par créneau horaire.

Je m'inscris aux Ateliers thématiques suivants (participation libre, inscription obligatoire, limitée à 4) :


9h00 - 9h25 Accueil café et badges
9h30 - 9h40 Allocution d'accueil - Auditorium
9h45 - 10h30

Conférence plénière n°1 : Processus biologiques et écologiques impliqués dans l'assemblage du microbiote des semences
par Matthieu Barret (IRHS, INRA, AGROCAMPUS-Ouest, Université d’Angers, Beaucouzé, France).

10h30 - 11h05 Hiplex : nouvelle méthode pour le génotypage à haut débit par séquençage NGS par Eric Petit, Inra UMR ESE, et Sophie Michon-Coudouel, plate-forme GEH

Les technologies de séquençage à haut débit ont entrainé une révolution de la donnée dans tous les domaines (amélioration génétique, biologie évolutive, génétique médicale, paléogénomique, étude de la biodiversité, etc.) qui utilisent l'ADN ou l'ARN comme source d'information. Ces technologies nous rapprochent de l'ère du génome entier, en passant par les techniques de réduction génomique (RAD, GBS, etc.), protocoles qui ne permettent pas de répondre à toutes les problématiques techniques ou scientifiques, en particulier à cause des limites posées sur le nombre d'individus qui peuvent être analysés. Un des enjeux actuels est en effet de pouvoir répartir au mieux le nombre de points de données à acquérir entre le nombre d'individus à analyser et le nombre de marqueurs informatifs à génotyper. Nous présenterons le protocole hiplex qui permet, par séquençage NGS, de réaliser le génotypage haut-débit de 50-500 SNPs ciblés sur des ensembles importants d'échantillons. Ce protocole, initialement testé dans le cadre de l'étude de mutations responsables de cancers du sein, a été adapté pour permettre l'étude d'espèces non modèles en écologie évolutive, démontrant le panel important de domaines dans lequel il est applicable.
Problématiques liées à la production de vecteurs viraux dérivés des AAV à grande échelle par Cécile Robin, plate-forme Centre de production de vecteurs viraux pré-cliniques

Notre plateforme développe des procédés de production et caractérisation de vecteurs AAVr en vue d’une production de vecteurs médicaments de grade clinique. En fonction du projet clinique, les besoins en termes de quantité et qualité de ces vecteurs AAVr sont différents, et que nous devons prendre en considération pour le choix de la technologie de production et des procédés de purification qui vont être développés. Actuellement la plateforme propose deux technologies de production de vecteurs qui sont i) d’une part la transfection de cellules de mammifères HEK293 adhérentes et d’autre part ii) l’infection de baculovirus recombinants de cellules d’insectes Sf9. Différentes techniques de purification sont développées à façon et validées par des tests de contrôles qualité au cours du procédé de purification et sur les produits.
Les réseaux moléculaires par Léa Cabioch, Biogenouest

Par le biais d’une approche bio-informatique, il est possible d’organiser et de visualiser des données issues de l’analyse par spectrométrie de masse en tandem (MS2) sous la forme de carte de similarité spectrale, nommée « réseaux moléculaires » (molecular networking/GNPS) qui met en évidence l’existence de groupes spectraux ainsi que leurs degrés de similarité. Cette approche est accessible à l’ensemble de la communauté scientifique grâce à la mise en ligne de divers outils et plates-formes.
Analysis of intracellular protein trafficking using a novel real-time fluorescence-based system par Mélanie Lancien, plate-forme MicroPICell

Determining the localisation of proteins is key to better understand their functions. I developed in Nantes, at the MicroPIcell platform, the RUSH system that was developed by the team of Franck Perez (Institut Curie, Paris). This technique allows the dissection of intracellular trafficking in real time. It is based on the reversible interaction of a hook protein with a protein of interest fused to SBP (streptavidin-binding protein) and EGFP. Addition of Biotin triggers a synchronous release and trafficking can be precisely analysed, notably using dual-color imaging.
Onco-hématologie : un nouveau domaine d'expertise au sein de Therassay par Emmanuelle Ménoret, Charlotte Kervoëlen et Maud Chetiveaux, plate-forme Therassay

Therassay est un regroupement de ressources technologiques et d'experts scientifiques au service d'équipes académiques ou industrielles pour l'analyse de nouvelles voies thérapeutiques par la réalisation de tests d'exploration fonctionnelle in vivo sur le petit animal, ex vivo et in vitro. Cette année, un nouveau domaine d’expertise est proposé au sein de la plate-forme : l’onco-hématologie avec pour chef de file le Myélome Multiple et le Lymphome à Cellules du Manteau. Les hémopathies malignes représentant 9,7% des cancers avec un pronostic encore très variable, il est donc nécessaire d'améliorer leurs traitements. Notre cible : les sociétés pharmaceutiques ou biotechnologiques et les institutions de recherche qui souhaitent évaluer in vitro et in vivo le potentiel de nouvelles molécules à visée thérapeutique pour les hémopathies malignes ainsi que leurs modes d’action. L'expertise, les modèles et le panel de tests proposés vous seront présentés au cours de cet atelier.
RMN et IRM : des technologies de pointe pour la caractérisation non-invasive des végétaux par Mélanie Hupel et François Mariette, plate-forme PRISM

La composante Agro-SCANs de la plate-forme PRISM offre une expertise dans la caractérisation non-invasive de tous les organes des végétaux par imagerie et spectroscopie. L’IRM permet de visualiser de manière non destructive les défauts internes d’un fruit, la répartition lipidique dans les graines ou bien encore de suivre le développement racinaire in situ. La relaxométrie RMN est quant à elle utilisée comme technologie d’évaluation du stress ou de l’effet de stimulateurs de croissance sur le développement foliaire. Cette présentation vous permettra de découvrir une offre complète et les potentialités de ces techniques non-invasives dans le domaine végétal.
11h10 - 11h45 Ecoextraction par les micro-ondes et les fluides supercritiques, des outils puissants au service de l’agroalimentaire par Ludovic Paquin, Université de Rennes 1 et Karine Seaudeau, Innovation Fluides Supercritiques (proposé par CBB Capbiotek)

Les technologies de traitement des matières par micro-ondes et de fluides supercritiques constituent de nouveaux médias performants et sélectifs pour l’extraction de molécules d’intérêt. Ces procédés peuvent notamment permettre d’accéder aux molécules les plus sensibles ou d’extraire des composés d’intérêt en l’absence de solvant. Les modes de fonctionnement de ces différents procédés seront détaillés et des exemples concrets d’applications dans le domaine agroalimentaire seront mentionnés.
Imagerie non destructive en microscopie confocale spectrale et microscopie multiphotonique : détection de contaminants du bois et analyse structurale d'un produit céréalier de cuisson par Munir Tanveer (ESB), Agathe Chouet (GEPEA Oniris), Laurence Dubreil, plate-forme APEX

L’exploration non destructive de matériaux en microscopie est essentielle pour imager les échantillons au plus près de leur état natif. Au cours de cet atelier, deux exemples d’exploration en microscopie confocale spectrale et microscopie multiphotonique seront présentés en mode « label free » notamment pour caractériser l’état de contamination du bois destiné à l’emballage ou à la construction ou bien pour analyser la structure 3D de produits alimentaires. Munir Tanveer (ESB, Nantes) montrera en quoi la microscopie confocale spectrale est une méthode sensible qui permet de caractériser l’état de contamination bactérienne et/ou chimique du bois. Agathe Chouet (GEPEA, Oniris) montrera en quoi la microscopie non linéaire est une méthode non destructive qui permet d’analyser la structure 3D d’un produit céréalier de cuisson en explorant les signaux de génération de seconde et troisième harmonique pour imager les grains d’amidon et la topographie du produit.
Une clé pour comprendre la matière de l'infiniment petit par Thomas Roret, plate-forme de Cristallographie

Comment voir la matière ? Comment voir l’invisible, l’infiniment petit, les molécules, les atomes ? Plusieurs techniques existent, plusieurs instruments ont été inventés, et à travers cet atelier l’un d’entre eux sera présenté : la cristallographie des rayons X. Les grandes étapes de la cristallisation à la résolution structurale ainsi que les instruments mis en œuvre seront présentés à travers des exemples de projets qui ont été réalisés sur la plate-forme CrystalO de la Station Biologique de Roscoff.
Présentation du projet Interreg BlueHuman par Claire Hellio et Maryline Fauchon, plate-forme Biodimar.

BlueHuman, cofinancé par le programme Interreg Atlantic Area, vise à contribuer au développement socio-économique en menant différentes recherches axées sur la valorisation biotechnologique des produits et sous-produits marins visant à améliorer la médecine et la santé.
ARRONAX - Mise en place des premiers essais cliniques par Mickaël Bourgeois et Aurélien Vidal, plate-forme Arronax

Le cyclotron ARRONAX est aujourd'hui une plate-forme de production de médicaments radiopharmaceutiques pour des essais cliniques en médecine nucléaire. Cette présentation fait le point sur la mise en place et le déroulement de ces derniers.
Gene expression profiling (3’ seq RNA profiling) : séquençage et bioanalyse par Audrey Bihouée, plate-forme BiRD et Stéphanie Bonnaud, plate-forme Genomique de Nantes

Une nouvelle méthode d'étude du transcriptome basée sur l'indexing moléculaire des ARNm appelée 3'SRP pour "3' Sequencing RNA Profiling" a été développée sur les plates-formes de Génomique et BiRD. Cette technique présente plusieurs avantages : le barre-coding des molécules uniques (UMI) qui permet une quantification absolue des transcrits et son faible coût (40 € par échantillon). Les échantillons sont multiplexés sur des plaques de 96 puits et séquencés sur un Hiseq2500. Pour l'analyse bio-informatique, les outils standard RNAseq peuvent être utilisés avec quelques ajustements liés au comptage des UMI.
11h45 - 12h30

Conférence plénière n°2 : Distribution spatiale et déterminisme de la diversité microbienne à l’échelle du territoire par application de techniques de métagénomique ciblée.
par Sébastien Terrat (Agroécologie, AgroSup Dijon, INRA, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon).

12h30 - 13h30 Cocktail déjeunatoire
13h30 - 14h25 Session posters
14h30 - 15h05 Inactivation génique ciblée chez les tétrapodes Xenopus laevis et tropicalis : développement de modèles de pathologies génétiques par Yann Audic, plate-forme Transgenèse Xénopes et IGDR

Xenopus laevis et Xenopus tropicalis sont utilisés depuis de nombreuses années en biologie du développement et pour adresser des questions fondamentales de biologie moléculaire ou cellulaire, en neurophysiologie ou pour modeliser des pathologies humaines. Ce dernier point en particulier a bénéficié des avantages récents de la technologie CRISPR/CAS9 qui permet d’induire des mutations ciblées chez ce modèle vertébré tétrapode ayant divergé des amniotes il y a environ 360 Millions d’années. En particulier, Xenopus est adapté à la réalisation d’analyse en F0, c’est-à-dire directement dans l’animal ayant subi la mutation sans attendre le développement d’une descendance. Ces possibilités d’analyses en F0 seront illustrées par plusieurs projets ciblant des régulateurs du développement des membres, du cristallin, de l’épiderme, ainsi que par le ciblage de suppresseurs de tumeurs.
LabCom BiotechALg par Claire Hellio et Maryline Fauchon, plate-forme Biodimar

Présentation de l'outil LabCom et du projet BioTechAlg qui vise à explorer la relation entre des conditions maîtrisées de croissance de différentes souches de microalgues et la diversité des métabolites produits, dont certains présenteront des activités biologiques d’intérêt pour la cosmétique et/ou la nutraceutique. Ce LabCom est issu de la rencontre d'une société de production industrielle de biomasses d'algue (Greensea) avec l'UMR 6539 LEMAR qui possède 2 plates-formes de criblage de biomasses marines (BIODIMAR® et Lipidocéan).
Alimentation animale, prévention et microbiote par Valorial et Atlanpole Biotherapies

Dans l’Ouest, le pôle agri-agroalimentaire, Valorial est historiquement très impliqué dans le sujet nutrition et microbiote. Ce pôle est un apporteur de solutions nutritionnelles dans le cadre de l’alimentation animale (notamment pour les animaux de rente) et l’alimentation humaine. A l’avenir, Valorial et Atlanpole Biotherapies ont convenu d'associer leurs expertises et de mobiliser leurs réseaux respectifs autour de sujets d'intérêt commun en santé humaine et animale. A l’occasion de cet atelier les thèmes retenus seront les suivants : prévention au travers de l’alimentation des animaux de rente et impact du microbiote sur la santé animale, au travers de témoignages d’entreprises.
L’imagerie par microscopie à feuille de lumière pour l’observation du vivant en trois dimensions par Xavier Pinson, Stéphanie Dutertre, plate-forme Mric-Photonics

Nouvellement arrivé, ce microscope permet une acquisition rapide en 3D et en profondeur des échantillons en bénéficiant des avantages du sectionnement optique. Il permet de plus l’imagerie en multivues en limitant le photoblanchiment et la phototoxicité. Nous vous présenterons quelques applications, parmi lesquelles les observations de développement d’embryons, de sphéroïdes, de tissus clarifiés, de plantes ou d’algues...
Nouvelles technologies utilisant le système CRISPR/Cas9 pour la génération de nouveaux modèles de rats génétiquement modifiés par Vanessa Quillaud-Chenouard, plate-forme TRIP

La découverte des nucléases à façon, et leur application en transgenèse, notamment CRISPR/Cas9, a révolutionné l’édition du génome. CRISPR/Cas9 a ouvert la voie à de nombreuses possibilités, tout particulièrement chez le rat pour lequel il y avait peu d’outils disponibles. Nous présenterons lors de cet atelier toutes les nouvelles possibilités développées par la plate-forme TRIP grâce au système CRISPR/Cas9, ainsi que les nouveaux modèles qu’elle a générés. Parmi ces modèles, des rats Knock-in exprimant la Cre et/ou la GFP sous contrôle transcriptionnel de promoteurs endogènes ou ubiquitaires et des rats immunodéficients pour des expériences d'humanisation tissulaire.
L’Hybridation In Situ en Fluorescence pour une analyse fine de la structure des chromosomes de plantes par Olivier Coriton, plate-forme PCMV

Apport de la Cytogénétique Moléculaire Végétale. La cytogénétique moléculaire dont l’outil principal est l’Hybridation In Situ en Fluorescence (FISH) sur préparation chromosomique a révolutionné l’approche de la cytogénétique traditionnelle. Le pouvoir de résolution permet de répondre à des projets d’étude des génomes par une analyse fine de la structure des chromosomes en méiose et mitose. Nous présenterons lors de cet atelier les différents outils proposés sur la plate-forme. L’intérêt de cette technologie sera illustré à travers d’exemples développés sur la plate-forme portant sur la dynamique des éléments transposables visant à la compréhension de l’histoire évolutive de différents systèmes végétaux ou encore la compréhension de la structure des génomes polyploïdes.
15h10 - 15h45 hiPS : pour qui, pour quoi ? par Laurent David, plate-forme iPSC

Utilisation des ips humaines pour les projets de recherche.
Imagerie multimodale pour la formation et la recherche par Xavier Druart, plate-forme CIRE-PAIB du Centre INRA de Tours Val de Loire

La plate-forme CIRE-PAIB du Centre INRA de Tours Val de Loire propose des approches originales d’imagerie multimodale in vivo / ex vivo par l’association de méthodologies complémentaires. Le couplage de plusieurs outils comme l’IRM, la spectrométrie de masse de type MALDI et l’endomicroscopie confocale (Cellvizio) permettent d’obtenir en parallèle des données de morphologie, de microscopie vidéo et de composition biochimique. Les images obtenues par ces méthodes permettent de produire des simulations numériques et physiques (impression 3D) et de nouveaux outils pédagogiques (réalité augmentée, logiciel interactif de formation) pour la recherche et l'enseignement. Cet exposé présentera plusieurs exemples parmi lesquels la reconstruction 3D de l’appareil reproducteur femelle et l’étude des mécanismes impliqués dans la migration des spermatozoïdes dans le tractus de la femelle.
Les réseaux métaboliques à l'échelle des génomes : des outils pour intégrer les données et ouvrir de nouvelles questions biologiques par Delphine Negre et Gabriel Markov, plate-forme ABiMS

Les réseaux métaboliques à l'échelle des génomes sont de puissants outils pour intégrer les données génomiques et métabolomiques. Ils permettent notamment de structurer les informations issues de l'annotation des génomes et de mettre en évidence les zones d'ombre dans les connaissances qui nécessitent d'être comblées par de nouvelles expérimentations. La reconstruction de tels réseaux s'est en grande partie automatisée, notamment par des efforts menés dans le Grand Ouest dans le cadre du projet IDEALG, mais leur utilité pratique dépend du degré d'appropriation par les biologistes. Les potentialités de cette approche seront illustrées par l'analyse comparée des réseaux métaboliques de deux macroalgues utilisées en aquaculture en Asie, Saccharina japonica et Cladosiphon okamuranus.
La chimiométrie pour les nuls : développement sur R d'un module d'analyse spectrale, exemple de la spectroscopie Raman par Luis Cano, plate-forme H2P2

Les quantités de données obtenues en biologie sont de plus en plus complexes à analyser. Ainsi, sur la plate-forme H2P2, l’analyse des spectres Raman par chimiométrie se révèle très complexe. Nous avons créé un outil qui permet aux biologistes d’obtenir une analyse globale sur leurs données en suivant une procédure séquentielle du traitement des données. Notre outil a été développé sur la base du logiciel R et R Studio avec pour objectif de procéder à des analyses accessibles à tous. L’interface est simple et intuitive, ce qui permet une compréhension facile de chaque étape pendant le retraitement de vos données. Vous avez également la possibilité de télécharger chaque étape de l’analyse pour mieux l’étudier.Cet outil vous offre aussi des tests statistiques comme l’analyse en composantes principales, l'analyse de cluster par la méthode hiérarchique et k-means avec élimination des outliers. Enfin, vous avez la possibilité de visualiser les spectres et de les analyser individuellement ou par groupe pour sélectionner et/ou éliminer des zones d’intérêt.
Brain training with Neurofeedback: a bimodal EEG-fMRI approach. par Giulia Lioi, plate-forme Neurinfo

Neurofeedback (NF) consists of training self-regulation of brain activity by providing real-time information about the participant brain function. Learning brain self-regulation is thought to impact on the pathological condition, therefore NF is a promising rehabilitation technique for various neurological pathologies. Recently a variety of brain imaging approaches has been applied to NF and brain computer interfaces (BCI), enriching what was mainly an EEG-based application with the advantages of other techniques (i.e. fMRI, fNIRS). If, for example, EEG provides excellent time resolution, fMRI allows more precisely target particular areas of the brain, for a more efficient and specific self-regulation. This presentation will focus on the technical challenges of combining EEG and fMRI for NF. Results of the application of bimodal EEG-fMRI NF for stroke rehabilitation will be shown, demonstrating the potential of this multimodal technique for clinical neurorehabilitation.
Deep learning appliqué au phénotypage par Pejman Rasti et David Rousseau, plate-forme Phenotic

L’apprentissage profond ("deep learning" en anglais) est un ensemble de méthodes d’apprentissage automatique capable de modéliser des données avec un haut niveau d’abstraction par une succession de couches de neurones artificiels. Ces algorithmes correspondent à ceux les plus performants actuellement utilisés en intelligence artificielle quand ils sont mis en œuvre pour des applications du BIG DATA. Nous montrons ces méthodes en action sur quelques exemples de phénotypage.
15h50 - 16h35

Conférence plénière n°3 : Étude du métagénome intestinal chez le porc et le poulet : perspectives appliquées.
par Fanny Calenge (UMR Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), INRA Centre de Jouy-en-Josas)

16h35 Discours de clôture
16h45 Café de clôture

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