Biogenouest Gen2Bio  

Gen2Bio 2015

Innovations et technologies au service de la recherche

Jeudi 26 Mars 2015
La Baule (44), Palais des Congrès Atlantia

Affiche Gen2Bio

Organisé par Biogenouest, Gen2Bio est le rendez-vous annuel des chercheurs en sciences du vivant du Grand Ouest et des entreprises biotech. Cette 8ème édition aura pour fil rouge: Agro&Biotech : les biotechnologies au service de l’agronomie.

L'entrée à Gen2Bio est libre mais l'inscription obligatoire.

ATTENTION : aucun participant ne sera admis aux ateliers thématiques sans s'y être préalablement inscrit (voir liste ci-dessous).

Le déjeuner est offert par Biogenouest (inscription obligatoire).

Plan d'accès à Gen2Bio, cliquez ici.

Formulaire d'inscription
Date limite d'inscription : Dimanche 13 mars 2015


* : Champs obligatoires

* Mme Mlle M.
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Société Laboratoire / unité Plate-forme Autre structure

Nom de la société :

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Je m'inscris à la session posters de Gen2Bio (date limite d'inscription : 28 février 2015)

Je m'inscris à Gen2Bio 2015 (gratuit) : accès aux conférences, ateliers thématiques, exposition, pauses-café.

Je m'inscris au déjeuner (gratuit mais inscription obligatoire).




Les ateliers durent 35 minutes, vous pouvez vous inscrire à 1 atelier par créneau horaire. Les numéros des salles sont indicatifs pour le moment, ils vous seront communiqués le jour de l'événement.

Je m'inscris aux Ateliers thématiques suivants (participation libre, inscription obligatoire, limité à 4 sessions) :


9h00 Allocution d'accueil - Auditorium
9h10 Conférence plénière n°1 : « Transforming plant breeding through epigenetics? »
par Etienne Bucher, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (UMR1345, Université d’Angers, INRA, Agrocampus Ouest), Beaucouzé

In the last years epigenetics has gained massive momentum in all research areas of biology. Epigenetics is of special interest because it can explain how memories of experiences made by an organism can be transferred from one generation to another, independently of the DNA sequence. Indeed recent research has demonstrated that the lifestyle and the environment of an organism not only affects its gene expression, but that gene expression states can also be transmitted from one generation to another. This epigenetic “memory” is primarily maintained by DNA methylation but also by certain types of histone modifications.

Plants have proven to be ideal models in this field of research. In plants it has been observed that there is considerable natural epigenetic variation between individuals of the same species. This variability can have an important impact on different traits of plants. Furthermore it has been shown that such epigenetic variants can be stable over centuries, and yet they remain reversible. It is now becoming generally recognized that heritable epigenetic variation could make a very important contribution to quantitative trait variation in plants and therefore represents valuable information that should be applied in crop improvement. It is likely that this contribution might be particularly significant for vegetatively propagated plants, especially regarding their adaptation to the environment. However most of the epigenetic studies that have been carried out so far were done in model organisms (such as Arabidopsis, and mainly annual species) but little is known about non-model organisms. Owing to recent developments in whole-genome sequencing it has become possible to tackle this subject in economically important crops. Therefore it is now the right time to further develop breeding tools to not only include the genotype (genetic difference) but also the epigenotype (epigenetic difference).

Salle 1 Salle 2 Salle 3 Salle 4 Salle 5 Atelier Auditorium
9h55 1. « Des approches originales basées sur le séquençage nouvelle génération » par Richard Redon, responsable de la plate-forme Génomique de Nantes, Adrien Léger, Atlantic Gene Therapy (Inserm UMR 1089, Nantes) et Gregory Carrier, Laboratoire de Physiologie et Biotechnologie des Algues (Ifremer, Nantes).

Cet atelier abordera deux approches originales basées sur le séquençage nouvelle génération : la caractérisation avancée de productions de vecteurs viraux recombinants par NGS et l’apport du NGS dans l'amélioration des algues.
5. « La plate-forme iPSC de Nantes : Pour quoi faire ? Pour qui ? Comment ? » par Laurent David, responsable de la plate-forme Nantes iPSC, Université de Nantes.

Cet atelier consistera en un état des lieux des mécanismes de reprogrammation. Cela permettra de présenter les avantages et inconvénients des méthodes de reprogrammation. Enfin, seront présentés, à l'aide d’exemples régionaux, les types de projets pour lesquels les hiPSC peuvent être un atout.
9. « Collaboration inter plate-forme : Le projet MYORAT » par Corinne Huchet, Thibault Larcher et Séverine Rémy (plates-formes Therassay, Apex et TRIP).

TRIP, Therassay et APEX s’associent pour créer un nouveau modèle animal de la dystrophie musculaire de Duchenne. Via les TALENs, le rat transgénique muté pour le gène Dmd présente des atteintes musculaire et cardiaque. Les rats Dmdmdx devraient permettre de mieux connaitre les mécanismes physiopathologiques de la dégénérescence musculaire et seront un élément moteur dans la mise en place d’études précliniques pour cette pathologie.
13. « Apport des techniques de microscopie électronique de la plate-forme MRic TEM dans le domaine agro-alimentaire » par Chantal Cauty (STLO, INRA Agrocampus, Rennes) et Agnès Burel (Plate-forme MRic TEM, BIOSIT, Université de Rennes1).

Les recherches menées à l'UMR STLO (INRA-Rennes) visent à générer des connaissances sur l’organisation structurale des constituants du lait et de l’œuf. La plate-forme Mric TEM, par des approches de microscopie électronique en transmission, a permis d’aborder la structure de ces produits par des méthodes de cryofixation, de coloration négative, d’immunolocalisation et de topographie.
17. « Traitement d'images pour le phenotypage à l'échelle de la semence et des plantes » par Marie-Agnès Jacques ou Etienne Belin, responsables de la plate-forme Phenotic, IRHS, Laris, Angers ; et Tristan Boureau, IRHS, Angers.

L'imagerie de fluorescence de chlorophylle est utilisée pour la caractérisation de l’agressivité des pathogènes et de la résistance des plantes. Les outils pour l’analyse des images obtenues sont disponibles sur www.phenoplant.org. L'imagerie hyperspectrale est testée pour le phénotypage des semences : détection des organes de plantules, l'évaluation du contenu biochimique, détection de pathogènes.
21. « GUGGO : Le Groupe de travail des Utilisateurs de Galaxy dans le Grand Ouest » par Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud et Olivier Collin, plate-forme GenOuest.

Depuis 2012, Le groupe GUGGO favorise les échanges autour de la plate-forme Galaxy. GUGGO représente un espace d'échange physique et virtuel à travers le HUB eBGO. GUGGO propose un wiki, un Tool Shed, un cloud et facilite les activités de formation (Galaxy Training Network). Le but : propager l'esprit Galaxy et supporter une recherche accessible, reproductible et transparente (Goecks et al.,2010).
10h30 Pause-café
11h00 2. « Les approches technologiques de la plate-forme IMPACT pour le développement de "leads" moléculaires : ex de projet. Découvertes et développement de molécules chimiques antagonistes du système IL-15 pour le traitement des pathologies inflammatoires » par Mike Maillasson, responsable technique de la plate-forme Impact, Institut de Recherche en Santé, Nantes.

Dans certains contextes pathologiques (maladies inflammatoires), l’interleukine-15 est une cible de choix pour le développement de nouvelles molécules à potentiels thérapeutiques. Ce projet de recherche montre comment les technologies de la plate-forme IMPACT s’imbriquent autour de la sélection, la validation et l’amélioration de « Hits » moléculaires inhibiteurs de l’activité de l’IL-15.
6. « De l'écologie chimique aux biotechnologies marines : développement de nouvelles approches basées sur le biomimétisme » par Elise Petit-Rodat, Marilyne Fauchon et Claire Hellio (plate-forme Biodimar®/UBO, Université de Bretagne occidentale).

Le projet porte sur le développement d'une approche biomimétique pour la mise au point de nouveaux revêtements antifouling (AF). L'étude des stratégies AF naturelles développées par les macroalgues démontre que ces organismes utilisent des combinaisons de solutions pour lutter contre l'épibiose. Ainsi, en collaboration avec une équipe de Dublin City University, nous avons réalisé des revêtements mimant la microtopographie de surfaces de 3 macrolagues et incluant des produits naturels marins bioactifs. Les résultats obtenus, après essais en mer, mettent en évidence le fait que la combinaison de solutions physiques et chimiques permet une augmentation significative de l'efficacité AF des matériaux. Cette approche représente une alternative prometteuse aux solutions AF actuellement sur le marché.
10. « Diffusion de molécules par des méthodes photoniques ou RMN, les offres des plates-formes Mric et PRISM : application à l’étude des gels de caséine » par Stéphanie Dutertre (plate-forme MRic-photonics), en collaboration avec la plate-forme PRISM

Les micelles de caséine sont les protéines majoritaires du lait. Elles constituent un micro-gel naturel dont les propriétés sont majeures dans l’ensemble des aptitudes fonctionnelles et nutritionnelles et plus récemment pour le développement de systèmes de vectorisation de médicaments. Via différentes méthodologies disponibles sur les plates-formes MRic et PRISM, nous avons étudié la diffusion moléculaire et la rétention de différents polysaccharides protéines ou autres molécules. L’enjeu est de montrer sur cette matrice les différentes approches expérimentales de la mesure de la diffusion moléculaire.
14. « RepliBio : Réflexion sur la classification et le cycle de vie des données : vers un prototype de réplication de données multi-sites » par Audrey Bihouée, Christophe Caron et Olivier Collin, plates-formes BiRD, GenOuest et ABIMS.

L’axe bio-informatique a lancé une réflexion sur le cycle de vie des données issues des différents dispositifs régionaux (e.g. plates-formes technologiques) et sur leur gestion (stockage, archivage, sécurisation, réplication, etc.). Cela passe par une classification des données en lien étroit avec les communautés utilisatrices en vue de développer des premiers mécanismes de réplication. Durant cet atelier, une réflexion commune sur les données sera réalisée.
18. « Une dynamique de filières au service de l'innovation dans le Grand Ouest » par Gilbert Blanchard, Directeur de CBB-Capbiotek et Anne-Claude Lefebvre, Directrice d’ID2Santé.

Les biotechnologies et la santé sont des secteurs stratégiques, avec des spécificités liées au Grand Ouest. Inscrites dans la « Glaz économie » de la Bretagne, ces filières sont animées par CBB-Capbiotek et ID2Santé. L’atelier présentera et débattra des initiatives pour stimuler la R&D, assurer un terreau fertile aux innovations, accompagner les porteurs de projets de la preuve du concept à la mise sur le marché de l’innovation, promouvoir les savoir-faire.
22. « Chirurgie des animaux de rente en recherche fondamentale et préclinique » par Juliette Cognié, plate-forme CIRE, Inra Centre de Tours. (Atelier proposé par la Région Centre)

La plate-forme CIRE réalise les séquences d’imagerie, les chirurgies et les soins péri-opératoires nécessaires aux protocoles de recherche en santé animale et humaine. La technique des anses intestinales y a été développée en 2009 dans le cadre d’une collaboration Institut Pasteur/INRA IASP. La plate-forme organise aujourd’hui des formations à cette technique. D’autres modèles expérimentaux originaux seront également abordés.
11h40 Conférence plénière n°2 : « Architecture et développement de la plante et du couvert pour le contrôle d'épidémies aériennes »
par Alain Baranger et Didier Andrivon, Inra, IGEPP (Le Rheu)

L'architecture et le développement de la plante et du couvert végétal peuvent contribuer au contrôle de maladies aériennes en créant un environnement moins favorable au développement des épidémies. Ce contrôle implique la modification des conditions microclimatiques dans le couvert (durée d'humectation des organes, température), de l'évolution de l’âge des tissus et leur transition vers la sénescence (sous l'effet de l'ombrage, de la maturité, et de différents stress dont celui provoqué par la maladie), et de la dispersion des spores du pathogène entre organes d'une même plante et au sein du couvert. Une démarche basée sur l'approche complémentaire d'expérimentations agronomiques en conditions parcellaires et en conditions contrôlées, et de la modélisation couplée du développement de la plante et de l'épidémie, permet d'identifier les traits architecturaux clés susceptibles de moduler ces processus.

Le contrôle génétique de ces traits d'architecture et de développement repose sur des gènes majeurs et des QTL qui souvent colocalisent avec des gènes ou des QTL contrôlant des composantes de résistance partielle. L'étude de populations en ségrégation (lignées recombinantes et populations issues de croisements biparentaux, lignées quasi isogéniques recombinant spécifiquement dans les intervalles de confiance de ces QTL, mutants aux gènes majeurs d'architecture) permet de tester les hypothèses d'une part de liaison génétique entre gènes/QTL d'architecture et gènes/QTL de résistance, d'autre part d'effet pléiotrope du gène/QTL d'architecture sur l'expression de la résistance partielle. Des exemples issus des pathosystèmes Ascochytose/Pois et Mildiou/Pomme de terre montrent comment le levier de l'architecture de la plante et du couvert est susceptible d'être utilisé en complément éventuel de la résistance et d'autres stratégies de lutte pour le contrôle d'épidémies aériennes.

12h30 Buffet déjeunatoire
13h30 Conférence plénière n°3 : « Métagénomique du Microbiote Intestinal et Santé - De l'Homme vers les animaux d'Elevage »
par Hervé Blottière, Institut Micalis, Inra (Jouy en Josas)
14h15 3. « Le criblage moléculaire robotisé ciblant les protéines kinases sur la plate-forme académique KISSf : une collaboration étroite avec les acteurs privés Promega et PerkinElmer » par le Dr. Stéphane Bach (CNRS, Responsable technique de la plateforme KISSf), le Dr. Patrick Salaün (Société Promega) et Mr. Geoffroy Reynaud (Société PerkinElmer).

Les protéines kinases, enzymes du groupe des transférases, sont essentielles à la vie d’une cellule humaine. Depuis quelques années, elles sont devenues une cible majeure pour la découverte de nouvelles thérapies humaines. La recherche de molécules d’intérêt se fait par criblage de composés chimiques (produits naturels ou synthétiques) en utilisant des robots et des kits permettant de détecter leur activité. Ce domaine technique sera abordé au cours de cet atelier.
7. « Des Solutions innovantes d’origine marine pour la santé (nutrition et protection) de la vigne et du blé associant des technologies d’imagerie et d’agroéquipements : le projet IRIS+, labellisé par les Pôles Mer Bretagne Atlantique, Vitagora et IAR » par les Laboratoires Goëmar : Jean-Marie Joubert Directeur R&D et Estelle Moreau, Responsable Développement.

(Atelier proposé par le Pôle Mer Bretagne Atlantique)
11. « ProteomeUP, plate-forme de Protéomique de l’Université de Poitiers : Equipement, services, possibilités et perspectives » par Nicolas Bourmeyster, responsable de la plate-forme ProteomUP, Université de Poitiers.

(Atelier proposé par la Région Poitou-Charentes)
15. « Démonstration du déploiement de machines spécifiquement développées pour le NGS, la bio-imagerie et la protéomique » par Olivier Collin et Cyril Monjeaud, plate-forme GenOuest, Irisa/Inria, Rennes.

L’apparition de nouvelles technologies en Sciences de la Vie a provoqué un afflux de données. Ces données, produites en masse, ont fait émerger des besoins nouveaux en calcul, stockage et logiciels, avec des exigences particulières en termes d'adaptabilité. Le cloud académique Genocloud propose le déploiement de machines spécialisées dans différents domaines biologiques.
19. « Quantitative imaging of bioactive peptides by PET using 68Ga derivatives » Intervenant non determiné.

Tant pour une visée diagnostique que dans le cadre d’une évaluation longitudinale destinée au phénotypage fin des individus, une évaluation quantitative minimalement invasive de l’expression de très nombreux peptides est possible par tomographie d’émission positronique. Cette évaluation passe par la synthèse d’analogues structuraux peptidergiques marqués par un émetteur de positron. La chimie à base du Ga68 est riche et de plus encore prometteuse. Elle possède l’avantage de ne pas nécessiter un cyclotron à proximité de l’unité d’imagerie TEP. Le marquage radio-isotopique au 68Ga a été développé initialement pour identifier des tumeurs productrices de certains peptides et donc qui exprimaient en abondance les récepteurs à ces peptides. Parmi les récepteurs peptidergiques susceptibles d’être ciblés, la plate-forme PRISM en collaboration avec le centre Eugène Marquis, vise en priorité le développement d’analogues pour la somatostatine, la bombésine, la CCK, la neurotensine et plus tard le GLP-1.
23. « L’annotation automatisée des analyses métabolomiques en LC-MS ; un challenge relevé par la plate-forme Corsaire » par Yann Guiton (CNRS, Projet IDEALG) et Laurent Rivet, animateur de la plate-forme Corsaire.

L’annotation d’un chromatogramme LC-HRMS nécessite généralement plusieurs jours d’analyse pour identifier les composés présents au sein de mélanges complexes. Afin de résoudre cette difficulté le plateau ThalassOMICS (plate-forme Corsaire) met en place un outil permettant l’annotation automatisée. Exemple d’utilisation pour des extraits de micro-organismes marins.
14h55 4. « Médecine personnalisée : Un changement de paradigme dans le traitement médical des cancers ? A propos du cancer du sein. Le projet SYMETRIC des Pays de La Loire. » par Mario Campone, Institut de Cancérologie de l'Ouest.

Cet atelier fera le point sur le projet SyMetric, de Médecine Personnalisé de la Région Pays de la Loire et expliquera à travers l’exemple du programme cancer du sein les problématiques et les solutions développées à travers le réseau d’expert des Pays de La Loire.
(Atelier proposé par Atlanpole Biotherapies)
8. « Cytogénétique moléculaire : structures chromosomiques chez les plantes » par Olivier Coriton, responsable de la plate-forme de Cytogénétique moléculaire, Inra, IGEPP, Le Rheu.

La cytogénétique moléculaire dont l’outil principal est l’Hybridation In Situ en Fluorescence sur préparation chromosomique a révolutionné l’approche traditionnelle de la cytogénétique avec un pouvoir de résolution qui permet une analyse fine de la structure des chromosomes : exemples des travaux développés sur la plate-forme à travers trois projets.
12. « Shanoir : une solution pour la gestion de données distribuées en imagerie in-vivo » par Christian Barillot et Isabelle Corouge, responsables de la plate-forme d'imagerie et de neuroinformatique Neurinfo, Université de Rennes 1.

Shanoir est une application web 2.0 sécurisée accessible depuis Internet permettant l’archivage et le partage de données brutes ou traitées. Elle permet également l’exploration, la visualisation et le téléchargement de données anonymisées à travers le réseau Internet tout en garantissant la confidentialité des données.
16. « Nouvelles méthodes de production de vecteurs viraux pour des applications à visée clinique » par Véronique Blouin, responsable technique de la plate-forme de production de vecteurs viraux précliniques, Laboratoire de Thérapie Génique, Nantes.

Depuis l'ouverture de la plate-forme de production clinique "Atlantic Bio-GMP", notre plate-forme a acquis une expérience dans le développement de process de production de vecteurs viraux pour des applications cliniques. Pour répondre à l’augmentation des besoins en terme de quantité de vecteurs, des technologies capables de monter en échelle (lignées productrices, baculovirus recombinants/cellules d’insectes Sf9) sont développées en respectant les contraintes BPF.
20. « Qu'est-ce qu'une démarche qualité peut apporter à une plate-forme ? » par Cécile Bourdeau, Responsable Assurance Qualité (AQ) et Céline Coban, Ingénieure AQ, GIP ARRONAX de Nantes.

Un Responsable AQ et un ingénieur AQ d’une plate-forme certifiée ISO 9001 présenteront des exemples concrets d'actions mises en place sur leur site, dans le cadre de leur démarche qualité. Ces actions ont permis d'améliorer le fonctionnement des activités, comme la gestion des non-conformités, le suivi des formations du personnel, et de porter davantage d’attention à l’écoute et à la satisfaction des clients et partenaires.
24. « Workflow4Metabolomics : un environnement pour l'analyse à haut-débit » par Gildas Le Corguillé, Misharl Monsoor et Christophe Caron, plate-forme ABiMS, Station biologique de Roscoff.

Le degré de complexité des analyses en métabolomique à haut-débit demande des infrastructures collaboratives adaptées, notamment au volume de données. L’environnement « Workflow4Metabolomics.org » est une plate-forme collaborative en ligne pour la métabolomique computationnelle. Elle repose sur Galaxy et propose de nouveaux algorithmes pour le prétraitement des données, l'analyse statistique et l'annotation.
15h35 Conférence plénière n°4 : « Microbes et aliments : de l’antiquité à l’ère -omique... »
par Sylvie Lortal, UMR Science et Technologie du lait et de l’œuf, INRA, Agrocampus Ouest

Toute matière première comestible pour l’homme, animale ou végétale, va se détériorer sous l’action des microorganismes ambiants. En effet, les microbes, premières formes de vie sur terre, ont des capacités métaboliques très élaborées et sont capables de dégrader les macromolécules les plus complexes en molécules plus simples, œuvrant ainsi à un recyclage universel. L’homme a donc été confronté très tôt à la compétition avec les microbes pour préserver les matières premières qu’il récoltait, de la cueillette ou de la chasse, et donc à la difficulté de sécuriser dans le temps son alimentation. Non seulement celle-ci pouvait être abimée et perdue, mais elle pouvait aussi recéler des germes pathogènes. Tout son génie a été, par l’observation et via des procédés simples, de sélectionner, d’orienter les microbes en présence, pour aboutir à un savoir-faire empirique de fermentation extraordinaire, qui non seulement prolonge la durée de vie de la matière première, la protège des germes indésirables, mais en plus diversifie les saveurs et l’aspect des produits finis ; tout cela pendant 10 000 ans sans avoir la moindre idée de l’existence des microbes, ainsi « domestiqués » à son profit. Aujourd’hui plus de 5000 aliments fermentés sont répertoriés dans le monde, et parmi eux des fleurons de créativité et de cultures locales : pain, fromages, salaisons, végétaux fermentés, vin, bière... (Tamang & Kalaisapathy, 2010).

C’est en 1865 seulement que Pasteur lève le voile sur les acteurs microscopiques de ces fermentations. Jusqu’en 2000 environ, les approches Pasteurienne prévalent, permettant d’avancer dans les connaissances, tout en étant limitées par la complexité des écosystèmes et des cascades métaboliques en présence.

La deuxième grande révolution est celle des outils –omiques à partir des années 1990. En faisant « parler » l’ADN et l’ARN présent dans les matrices, et le génome des espèces fermentaires, ils représentent un atout majeur pour accéder enfin au cœur du dialogue entre microbes et aliments.

Discours de clôture

16h15 Café de clôture