Biogenouest Gen2Bio  

Gen2Bio 2016

Les biotechnologies bleues

Jeudi 31 Mars 2016
Saint-Brieuc (22), Palais des Congrès

Affiche Gen2Bio

Organisé par Biogenouest, Gen2Bio est le rendez-vous annuel des chercheurs en sciences du vivant du Grand Ouest et des entreprises biotech. Cette 9ème édition aura pour fil rouge: Les biotechnologies bleues.

L'entrée à Gen2Bio est libre mais l'inscription obligatoire.

ATTENTION : aucun participant ne sera admis aux ateliers thématiques sans s'y être préalablement inscrit (voir liste ci-dessous).

Le déjeuner est offert par Biogenouest (inscription obligatoire).

Plan d'accès à Gen2Bio, cliquez ici.

Formulaire d'inscription
Date limite d'inscription : Lundi 21 mars 2016


* : Champs obligatoires

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Société Laboratoire / unité Plate-forme Autre structure

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Je m'inscris à la session posters de Gen2Bio (date limite d'inscription : 1 mars 2016)

Je m'inscris à Gen2Bio 2016 (gratuit) : accès aux conférences, ateliers thématiques, exposition, pauses-café.

Je m'inscris au déjeuner (gratuit mais inscription obligatoire).




Les ateliers durent 35 minutes, vous pouvez vous inscrire à 1 atelier par créneau horaire. Les numéros des salles sont indicatifs pour le moment, ils vous seront communiqués le jour de l'événement.

Je m'inscris aux Ateliers thématiques suivants (participation libre, inscription obligatoire, limité à 4 sessions) :


9h00 - 9h25 Accueil café et badges
9h30 - 9h40 Allocution d'accueil - Auditorium
9h40 - 10h20 Conférence plénière n°1 : « Discovery of novel enzymes for the valorization of algal biomass: from genomes of marine bacteria to blue biotechnology »
par le Dr. Gurvan Michel, Marine Glycobiology Group (UMR UPMC - CNRS 8227, Station Biologique de Roscoff).

Seaweeds dominate the primary production of coastal environments. This large biomass is mainly constituted by polysaccharides. But marine algal polysaccharides display a huge chemical diversity and greatly differ in composition and structure from their terrestrial counterparts. Several algal polysaccharides (e.g. agars, carrageenans, alginates…) are already widely used in various industries. To develop novel, high-value products from algal biomass, there is an urgent need for specific enzymes modifying the structure and thus the biological and/or physicochemical properties of these biopolymers. The most promising sources of such enzymes are marine heterotrophic bacteria which use seaweeds as a source of nutrients.

Our group is developing Zobellia galactanivorans as a model marine bacterium for studying the bioconversion of algal polysaccharides. The sequencing of the genome of Z. galactanivorans has confirmed its huge capacity for polysaccharide utilization, with the presence of 141 glycoside hydrolases and 72 sulfatases. We have already started to exploit these genomic data. Using phylogenetic and comparative genomic approaches, we have also discovered novel families of enzymes involved in the degradation of algal polysaccharides In depth structural and biochemical analyses of these new polysaccharidases have revealed that Z. galactinovorans possesses a complex systems to deconstruct the cell wall of brown and red algae. Altogether, these works have enlightened the richness of marine bacteria as sources of original enzymes and the necessity to combine genomic and classical biochemical approaches to discover these enzymatic tools needed for the valorization of algal biomass.

Salle 1 Salle 2 Salle 3 Salle 4 Salle 5 Atelier Auditorium
10h25 - 11h00 1. « Apport du cytomètre imageur Image Stream X et du trieur de cellule Facs Aria III de la plate-forme Cytocell dans le domaine des biotechnologies bleues en collaboration avec Ifremer  » par Nadège Marec et Juliette Desfrancois-Noel (Plate-forme Cytocell, Nantes).

Au sein d’Ifremer Nantes, le laboratoire PBA sélectionne des souches de microalgues, sur la base de leur quantité en lipides neutres, afin de produire des algocarburants. L’Image Stream X II permet de visualiser les globules de lipides et de les dénombrer au sein de chaque cellule analysée. Il permet donc de cribler à haut débit et de façon statistique les différentes souches. Ce criblage peut se poursuivre directement sur la plate-forme par un tri en cytométrie de flux.
5. « Développement d’outils pour la mise en place d’un protocole d’immunothérapie cellulaire du mélanome » par Karine Bernardeau et François Lang (Plate-forme P2R, Nantes).

L’objectif était de pouvoir trier des lymphocytes T spécifiques d’antigènes tumoraux très faiblement représentés au sein de la population lymphocytaire du sang afin de les amplifier in vitro et les ré-injecter aux patients porteurs de mélanome. Pour cela nous avons mis au point un procédé de production de complexes HLA/peptides solubles porteurs d’un tag et nous avons développé un anticorps chimérique anti-tag pour multimériser les complexes sur des billes magnétiques..
9. « Microscopie en Super Résolution sur la plateforme MicroPICell » par Steven Nedellec (Plate-forme MicroPICell, Nantes).

Jusqu’à présent, la biologie cellulaire a été basée sur la microscopie optique et dans le même temps été limité par sa résolution optique. De nouvelles technologies ont été développées récemment pour contourner cette limite. Ces technologies de super-résolution basés sur un éclairage adapté, permet la localisation précise des molécules simples ainsi que le suivi temporel. Cette nouvelle approche crée de nouvelles possibilités sans précédent pour étudier la structure et la fonction des cellules.
13. « L'utilisation de la mobilité des hétéroduplexes pour le génotypage des rats génétiquement modifiés » par Laurent Tesson (INSERM UMR 1064 / ITUN, CHU de Nantes).

Avec les nucléases à façon (ZFN, TALENs, CRISPR), les possibilités de modifications génétiques précises ont amené la plateforme TRIP à réaliser de nombreux projets de KnockOut ou de KnockIn. Nous avons dû adapter nos outils de génotypage. L'atelier présente l'utilisation de l'électrophorèse capillaire (Caliper LabChip GX) dans le cadre du génotypage de rats génétiquement modifiés.
17. « Des microalgues non-OGM aux performances améliorées » par Gael Bougaran (Ifremer, Laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues, Nantes - Atelier proposé par le Pôle Mer Bretagne Atlantique).

L’amélioration des espèces de microalgues est une garantie de rentabilité pour les productions industrielles. Le projet ANR Facteur 4 a étudié l’adaptation des principes de sélection variétale aux microalgues en utilisant la mutagenèse couplée à la sélection cytométrique et une approche originale de sélection dirigée. Au-delà de la compréhension des processus, des améliorations très prometteuses ont été obtenues pour la productivité en lipides neutres des cultures.
21. « Le Tissue Micro Array : archivage et haut-débit en histopathologie » par Alain Fautrel (Responsable de la plate-forme H2P2, Rennes).

Le Tissue Micro Array (TMA) est une technique qui permet de regrouper sur une même lame des centaines de tissus biologiques, permettant une analyse haut-débit comparative de l’expression de protéines par immuno-histochimie ou d’ARN par hybridation in situ. Cette technique offre également l’avantage de pouvoir réaliser des banques de tissus sur blocs de paraffine sans détruire le bloc d’origine. Nous réalisons également des TMA à partir de tissus congelés.
11h00 Pause-café
11h30 - 12h05 2. « Développement d’outils génomiques par séquençage RADseq pour l’étude de la diversité génétique et de la spéciation chez les espèces marines » par Claire Daguin-Thiébaut (Laboratoire Diversité et Adaptation en Milieu Marin, CNRS Université Pierre et Marie Curie, UMR CNRS 7144, Station Biologique de Roscoff).

En lien avec la plate-forme génomique et la plate-forme bio-informatique ABiMS de la Station Biologique de Roscoff, nous développons des marqueurs polymorphes par le séquençage des régions génomiques adjacentes de sites de restriction (RADseq) chez plusieurs espèces d’algues et d’invertébrés marins. Quelques résultats issus de projets sur l’étude de la diversité génétique et de la spéciation sont présentés.
6. « Criblage et caractérisation d'interactions ligands / récepteurs » par Christophe Héligon (Responsable scientifique de la plate-forme Transgénèse Xénopes, Rennes).

Notre plate-forme propose des approches de génétique et d’électrophysiologie permettant la caractérisation fonctionnelle de gènes ou couples ligands-récepteurs qu’ils soient d’origine animale ou végétale. En particulier, la technologie de voltage imposé à deux électrodes permet lors de criblages à moyen débit d’identifier et caractériser les effets des interactions de ligands avec leurs récepteurs.
10. « Imagerie ultra-sonore et de thérapie associant les ultrasons et les microbulles » par le Dr. Ayache Bouakaz (INSERM U930, Imagerie et Cerveau, Université François Rabelais de Tours - Atelier proposé par la Région Centre-Val de Loire).

L’atelier traitera de l’exploitation des ultrasons et les microbulles (agents de contraste pour échographie) pour le dépôt local de médicaments. Cette approche de délivrance est une technique thérapeutique pour laquelle des ondes sonores sont appliquées en présence de microbulles pour moduler la perméabilité des barrières biologiques, permettant aux substances thérapeutiques co-administrées (anticancéreux) à être introduites dans des cellules et des tissus biologiques ciblées.
14. « Les activités du guichet d'analyse d'images : exemples de questions traitées et d'outils mis à disposition » par Sylvain Prigent (Animateur de l’axe Bio-imagerie de Biogenouest, Rennes).

Créé début 2015, le guichet d'analyse d'images de Biogenouest vise à mutualiser les compétences et outils d'analyse d'images dans le Grand Ouest. Le but de l'atelier est de présenter Biose (bioimagerie.univ-rennes1.fr), l'ensemble des outils open sources mis en place par le guichet : Biose-hub pour l'échange d’information et Biose-app pour l'assemblage d'outils de traitement d'images.
18. « Des œufs de raies aux jeux vidéos, les sciences participatives rapprochent sciences et société ! » par Yvan Le Bras (Plate-forme GenOuest - Irisa/ Inria, Rennes).

La collecte et l'analyse d'informations provenant d'origines variées est nécessaire à la compréhension des systèmes complexes que nous étudions. Il paraît opportun de pouvoir compter sur le recrutement de communautés de citoyens. Parallèlement, les relations entre science et citoyens se dégradent. Les sciences participatives se proposent d'adresser ces questions en impliquant le citoyen dans les processus de recherche scientifique.
22. « Sacral neuromodulation: a pre-clinical model for translational research programs in digestive diseases » par le Dr. Guillaume Meurette (CHU de Nantes).

Sacral neuromodulation is a validated treatment option for various digestive diseases. Despite recent advances in gut innervation and modulation of the intestinal barrier functions, the mechanisms of action of SNS and the impact on the intestinal barrier remains poorly understood. The aim of our program has been to build a preclinical model of SNS and assess the impact of neurological stimulation of the rectum.
12h10 - 12h50 Conférence plénière n°2 (conférence en anglais) : « Current challenges and opportunities in marine biotechnology and marine biodiscovery »
par le Pr. Marcel Jaspars, Marine Biodiscovery Centre, Department of Chemistry (University of Aberdeen, Scotland).

Marine (‘Blue’) biotechnology is the only ‘colour’ of biotechnology that is defined by its source rather than by function. As such, it may find use in any number of applications in the food, energy, health, environment and industrial sectors. This presentation will explore the challenges and opportunities facing marine biotechnology and how to realise its potential to make a major contribution to all these sectors in Europe and globally. To achieve this, a number of ‘Grand Challenges’ in marine biotechnology need to be addressed in the fields of food, energy, health, environment and industry. Changes in policy, science funding, science administration, and education must be made to fully exploit the unique bioresources available in the oceans.

This presentation will begin by addressing the technical challenges which need to be solved to streamline the marine biodiscovery pipeline: quality of marine bioresources; proceeding from extract to pure bioactive compound; the supply issue and commercialization. Approaches to each of these will be discussed giving recent examples from our research centre and that of others. Policy issues that need to be solved at a European and global level will also be introduced. The presentation will end with a horizon scan of emerging technologies that may be essential to attract industry to use marine bioresources for biomedical and biotechnological applications.

13h00 - 14h00 Cocktail déjeunatoire
14h00 - 14h25 Session posters
14h30 - 15h05 3. « Mécanique et dynamique de croissance apicale chez l'algue brune Ectocarpus » par Hervé Rabillé (UMR UPMC - CNRS 8227, Station Biologique de Roscoff).

Les principes biophysiques et cellulaires de la croissance apicale sont étudiés chez Ectocarpus sp grâce à diverses techniques d’imagerie disponibles sur les plates-formes de microscopie du réseau Biogenouest : dynamique de la croissance par time-lapse (vidéomicroscope Merimage, Roscoff) ; caractérisation de la paroi par microscopie confocale et électronique (Merimage, Roscoff) et à force atomique (propriétés nanomécaniques, BIBS, Nantes).
7. « Next Generation Proteomics: quel intérêt pour vos projets de recherche ? » par Emmanuelle Com (Responsable technique de la plate-forme Protim, Rennes).

La protéomique classique est basée sur l’utilisation de bases de données pour identifier les protéines d’un échantillon. L’avènement de la technologie RNA-Seq permet de générer des bases de données spécifiques aux échantillons analysés, et ainsi d’améliorer l’identification des protéines connues et de détecter de nouvelles isoformes ou protéines. Cette approche est également très utile pour l’analyse de protéomes d’organismes non modèles ou très dynamiques.
11. « Analyse sur la plate-forme ImPACcell de la stabilité du génome de cellules souche de grade clinique » par Rémy Pédeux (INSERM U917 Mica, Rennes).

La culture à long terme en hypoxie permet de maintenir le phénotype des cellules souches mésenchymateuses et de prévenir la sénescence. Des études montrent que l'hypoxie pourrait être responsable d'une instabilité génomique en entravant la réponse aux dommages à l'ADN et leur réparation. Nous avons quantifié les lésions à l'ADN et leur réparation de cellules de qualité clinique provenant de moelle osseuse ou de tissu adipeux cultivées en conditions normo ou hypoxiques.
15. « Contrôle du couplage excitation-libération calcique par optogénétique : optimisation spatio-temporelle sur spinning-disk » par Anne Cantereau (Plate-forme ImageUP, Université de Poitiers), Aurélien Chatelier et Stéphane Sebille (Laboratoire STIM, ERL CNRS 7368, Université de Poitiers - Atelier proposé par la Région Aquitaine-Limousin-Poitou-Charentes).

L’atelier montrera le processus d’optimisation temporelle et spatiale d’un système d’acquisition d’image par spinning-disk et son application à la stimulation de la libération calcique dans des cellules musculaires squelettiques exprimant (expression hétérologue) le canal rhodopsine 2 (optogénétique) sensible à des flashs de lumière autour de 470 nm. Cette stimulation lumineuse génère un courant dépolarisant, un potentiel d’action puis la libération calcique.
19. « La Microscopie à très haute résolution sur APEX : TIRF, PALM, STORM, quelles applications ? » par Claire Lovo et Laurence Dubreil (Plate-forme APEX, Nantes).

Les microscopies TIRF/PALM/STORM sont des techniques innovantes permettant de s’affranchir de la limite de diffraction qui a été longtemps un frein dans la course à la résolution. Nous présenterons les principes de ces techniques super résolutives et nous montrerons par des exemples concrets en quoi l'atteinte de ces résolutions en photonique (jusqu’à 20nm) permet des avancées considérables en biologie.
23. « BIBS in blue. Quels outils et quelle expertise sur la plate-forme BIBS pour explorer les objets d'origine marine ? » par le Dr. Gurvan Michel (Marine Glycobiology Group, UMR UPMC - CNRS 8227, Station Biologique de Roscoff) et David Ropartz (INRA Unité BIA, plate-forme BIBS, Nantes).

L’atelier développera les résultats d’un travail de caractérisation de polysaccharides d’algues rouges par spectrométrie de masse. Des informations inédites ont été obtenues, permettant d’améliorer significativement les connaissances structurales de ces carbohydrates complexes et ainsi de mieux appréhender leurs fonctionnalités. Plus largement, l’atelier présentera l’ensemble des outils de la plate-forme BIBS, applicables à l’étude structurale d’objets marins.
15h10 - 15h45 4. « GAP-134 : Synthèse chimique et évaluation biologique pour les troubles du rythme cardiaque » par Arnaud Tessier et Mickael Derangeon (Institut du thorax, UMR INSERM 1087 / UMR CNRS 6291, Nantes).

Au cours d’études sur la physiopathologie de la fibrose associée aux troubles progressifs de la conduction cardiaque (PCCD) avec le vieillissement, une expression anormale de la connexine 43 (Cx43) a été observée dans un modèle murin de PCCD. Un peptide synthétique, le Gap-134, activateur de la Cx43 a été préparé chimiquement et testé par exploration fonctionnelle afin d’en évaluer son effet sur la conduction cardiaque et dans les PCCD.
8. « MARBiotech - Biomolécules marines et valorisations biotechnologiques issues des annélides marins. Etat d'avancement à un an du projet collaboratif » par Valérie Polard (Responsable Préclinique et Clinique d’Hémarina, Morlaix - Atelier proposé par Atlanpole Biotherapies).

Le projet MARBiotech ambitionne le développement d’une nouvelle filière aquacole en France, les vers marins Arenicola, et la valorisation des molécules d’intérêt qui en seront extraites à l’échelle industrielle pour des applications médicales à forts potentiels économiques et sanitaires. Hémarina s’est intéressée dès 2007 aux propriétés des vers Arenicola, transporteurs d’oxygène extracellulaires pour lesquels elle a déposé 14 familles de brevets.
12. « Imagerie de la paroi chez les algues brunes : développement d’anticorps spécifiques pour l’immunohistochimie » par Amandine Siméon et Cécile Hervé (UMR UPMC - CNRS 8227, Station Biologique de Roscoff).

La paroi chez les algues brunes est un compartiment cellulaire jouant des rôles physiologiques essentiels, notamment dans le développement. Elle est composée de polysaccharides dont la cellulose, les alginates et les fucanes sulfatés. La mise au point d’outils spécifiques (anticorps monoclonaux), couplée à des techniques d’imagerie, permet de localiser ces composés dans des tissus complexes et de comprendre leurs rôles au cours de la croissance cellulaire.
16. « Biodistribution in vivo : vecteurs innovants et techniques de biofluorescence » par Tristan Montier (Directeur de la plate-forme SynNanoVect, Brest).

La plate-forme SynNanoVect (IBISA et ISO-9001) propose une large gamme de vecteurs synthétiques originaux pour la délivrance d’acides nucléiques ou de molécules d’intérêt thérapeutique ainsi qu’un plateau d’élèctroporation. Elle offre également la possibilité d’évaluer sur modèles in vitro ou in vivo l’efficacité des formulations et leur tolérance. L’atelier présentera les technologies récentes développées par la plate-forme et les nouveaux services offerts.
20. « Platform-Manager, un outil de gestion des ressources pour la démarche qualité des plates-formes » par Sylvain Prigent (Animateur de l’axe Bio-imagerie de Biogenouest, Rennes) et Alain Fautrel (Responsable de la plate-forme H2P2, Rennes).

Platform-Manager a été conçu pour faciliter la gestion de plate-forme technologique. Il intègre notamment des modules de gestion d'utilisateurs et de gestion et de réservation de ressources (gestion de consommables et d’équipements). Il constitue donc un outil intéressant pour le déploiement de la démarche qualité de toute plate-forme technologique. En production sur plusieurs plates-formes du réseau, son fonctionnement et ses applications vous seront présentés lors de cet atelier.
24. « Amplifications singleplex en nanolitre : de nouvelles applications pour les NGS, pour l'analyse fonctionnelle et pour le génotypage SNP » par Marine Biget et Sophie Michon-Coudouel (UMS CNRS 3343 OSUR, plate-forme Génomique Environnementale et Humaine, Rennes).

Présentation d'un nouvel équipement haut débit (SmartChip Real-Time PCR System, Wafergen) permettant de faire à la fois du génotypage, de la quantification absolue et de l’enrichissement de cibles pour le séquençage nouvelle génération (NGS).
15h50 - 16h30 Conférence plénière n°3 : « Nouveau défi à relever par AlgoSolis : production et bioraffinage de la biomasse de microalgues à grande échelle »
par Olivier Goncalves, Maître de Conférences GEPEA / Université de Nantes (UMR CNRS 6144A, Nantes).

La production et la valorisation de microalgues constituent un enjeu économique considérable. Non seulement, leurs applications en nutrition, cosmétique et santé sont nombreuses et contribuent à l’accroissement de ces marchés, mais leurs exploitations dans les domaines de l’énergie, de la dépollution/valorisation du CO2 et de la chimie verte sont également extrêmement prometteurs pour l’avenir. Plateforme dédiée à l'exploitation industrielle des micro-algues, AlgoSolis est une initiative du laboratoire GEPEA, UMR Université de Nantes - CNRS - Oniris - EMN. Cette plateforme publique de R&D, de tout premier plan au niveau international, qui s'adresse aux industriels et académiques pour le montage de programmes collaboratifs. Elle propose aux industriels une infrastructure nécessaire à l'exploitation contrôlée, intensifiée, durable et à grande échelle des micro-algues. AlgoSolis développe de nouvelles technologies de production et de bioraffinage des microalgues, et optimise leur fonctionnement en conditions réelles d’exploitation. Avec plus de 20 lignes de production indépendantes, l’infrastructure d’AlgoSolis permet le développement individuel d’unités pour en valider et optimiser les performances, ou l’étude de leur intégration dans un procédé global allant de la production de la biomasse à sa valorisation en molécules d’intérêts.

16h30 Discours de clôture
16h45 Café de clôture