Biogenouest Gen2Bio  

Gen2Bio 2018

La Santé

Jeudi 22 mars 2018
Rennes (35), Le Couvent des Jacobins, Centre des Congrès de Rennes

Affiche Gen2Bio

Gen2Bio, le congrès annuel Biotech organisé par Biogenouest, s’adresse à tous les acteurs des sciences du vivant et de l'environnement: laboratoires de recherche, entreprises innovantes, acteurs de la valorisation (SATT, pôles de compétitivité, technopoles, centres d'innovation technologique...).

Cette 11ème édition aura pour fil rouge La santé.

L'entrée à Gen2Bio est libre mais l'inscription obligatoire.

ATTENTION : aucun participant ne sera admis aux ateliers thématiques sans s'y être préalablement inscrit.

Le déjeuner est offert par Biogenouest (inscription obligatoire).

Plan d'accès à Gen2Bio, cliquez ici.

Formulaire d'inscription
Date limite d'inscription : Jeudi 15 mars 2018


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Je souhaite également m'inscrire pour présenter un poster lors de la session dédiée de Gen2Bio (date limite d'inscription : 26 février 2018)

Je m'inscris à Gen2Bio 2018 (gratuit) : accès aux conférences, ateliers thématiques, exposition, pauses-café.

Je m'inscris au déjeuner (gratuit mais inscription obligatoire).

J’accepte d’être recontacté(e) par courriel pour les prochains congrès Gen2Bio.

 J’accepte que mon courriel soit transmis aux autres participants et exposant du congrès Gen2Bio.




Les ateliers durent 35 minutes, vous pouvez vous inscrire à 1 atelier par créneau horaire. Les numéros des salles sont indicatifs, ils vous seront communiqués le jour de l'événement.

Je m'inscris aux Ateliers thématiques suivants (participation libre, inscription obligatoire, limité à 4) :


9h00 - 9h25 Accueil café et badges
9h30 - 9h40 Allocution d'accueil - Auditorium
9h45 - 10h30 Conférence plénière n°1 : Régénération osseuse par des cellules souches mésenchymateuses et biomatériaux
par Pierre Layrolle, PhD (Directeur de recherche, Inserm UMR 1238, PHY-OS, Bone sarcoma and remodeling of calcified tissues, Faculté de Médecine, Université de Nantes, France).

Bone is the most transplanted tissue in human with about 1 million procedures annually in Europe. Autologous bone grafting is the gold standard in bone regeneration but it requires a second surgery, is limited in quantity and often associated with pain and complications. Synthetic calcium phosphate biomaterial in association with mesenchymal stem cells is a potent alternative to autologous bone grafting. Starting from a bone marrow aspirate, several hundred million of mesenchymal stem cells (MSC) are produced in 3 weeks in a culture medium containing human blood platelet lysate plasma. These cells are fixed on biphasic calcium phosphate (BCP) granules and then implanted in subcutis of nude mice where they produced mature bone tissue. The mixture of human mesenchymal stem cells and biomaterial is also effective in bone healing of critical size defects in calvaria and femurs of nude rats. The procedure has also proven efficacy in regenerating diaphyseal defects in metatarsis of sheep. In the European projects REBORNE and ORTHOUNION, bone regeneration was successfully achieved in several clinical trials. Patients suffering from non-union fractures were safely and effectively treated with their own stem cells and biomaterials. Consolidation was obtained 93% of cases. New strategies in the reconstruction of large bone defects resulting from the resection of tumors will also be presented.

Salle 1 - Bleue Salle 2 - Orange Salle 3 - Rose Salle 4 - Rouge Salle 5 - Turquoise Salle 6 - Verte
10h30 - 11h05 1. De la préparation haut débit des banques amplicon 16S et 18S à l’analyse de la diversité microbienne : un workflow simplifié en une seule étape de PCR et l’utilisation d’un pipeline d’analyse des données par séquençage NGS par Sophie Michon-Coudouel, July Hémon, Marine Biget et Marc Aubry, plate-forme GEH

Utilisation des capacités haut débit du SmartChip System (Wafergen/Takara) pour la réalisation de banques d’amplicons 16S et 18S jusqu’à 384 échantillons par puce SmartChip et l’application optimisée du « Target Enrichment ». Utilisation de la pleine puissance de l’équipement via l’obtention des « bridges spécifiques » de Wafergen/Takara pour la réalisation des 384 amplicons en seulement une étape de One-step PCR.
5. Imagerie par micro-spectroscopie Raman en Biologie par Alain Fautrel, plate-forme H2P2

La spectroscopie Raman est une méthode non destructive d’étude de la composition moléculaire des matériaux. Cet effet consiste en un spectre décalé en fréquence dans la lumière diffusée par un échantillon soumis à une illumination monochromatique. Ce spectre, de très faible intensité, caractérise l’échantillon étudié et est lié aux liaisons atomiques constituant l’échantillon observé. Cette technique, classiquement utilisée par les chimistes pour caractériser des composés purs, est maintenant utilisable sur des échantillons biologiques grâce au développement de caméra et spectromètre très sensible. L'intérêt de cette technologie pour l’étude d’échantillons biologiques (tissus tumoraux, bactéries et cellules en culture) sera présenté par des exemples d'expérimentations réalisées sur la plate-forme H2P2. En effet, H2P2 est équipée depuis quelques mois d’un micro spectromètre RAMAN DX2Ri (Thermo fisher) : microscope confocal équipé de 2 lasers (532nm et 785nm), d’une caméra EMCCD et d’une platine très sensible permettant de réaliser des cartographies très précises.
9. When metabolomics gets ISO17025 accredited and ready for implementation par Gaud Dervilly-Pinel, plate-forme Corsaire-Laberca

Until recently, steps toward implementation of metabolomics tools still had to be taken, in particular because of the lack of guidelines / criteria to validate such methods. In a context of chemical food safety, validation criteria have been proposed in agreement with EU expectations (Dec 2002/657), enabling demonstrating performances complying screening requirements. Although some of the biomarkers remain still un-elucidated, the corresponding LC-HRMS method has been ISO17025 accredited.
13. Genodock : un outil de mise en ligne de génomes par Anthony Bretaudeau et Matéo Boudet, plate-forme GenOuest

Le processus de mise en ligne d'un nouveau génome est long et complexe. Comme le nombre de génomes séquencés augmente rapidement, la nécessité d'une nouvelle architecture automatique, flexible et évolutive s'impose. En conséquence, nous avons mis en place un nouveau système, Genodock, basé sur les développements du projet Galaxy Genome Annotation.
17. Le projet européen METASPACE par Charles Pineau, plate-forme Protim

Le projet Européen Horizon2020 METASPACE, qui s’achève en juin 2018, regroupe 8 partenaires internationaux dont la plate-forme Protim. Il avait pour but la mise en place d’une plate-forme hébergeant un moteur de recherche Open-source pour l’annotation automatique des métabolites issus des données d'Imagerie par spectrométrie de masse, ainsi qu’une base de connaissance spatiale des métabolites provenant de centaines de jeux de données produits par la communauté internationale. Toutes les annotations de métabolites réalisées par METASPACE deviennent publiques et peuvent être fouillées et exportées. Une partie significative des jeux de données très haute résolution utilisés par le consortium pour le développement de ces outils d’annotation ont été produits par la plate-forme Protim sur son spectromètre FT-ICR SolariX. Un an après son ouverture en ligne, METASPACE héberge plus de 2200 jeux de données et sa croissance continue d'être exponentielle. La localisation spatiale des métabolites in situ constitue un enjeu technologique majeur en biologie cellulaire et patho-physiologie, et promet des avancées importantes en santé humaine. Plus d’info sur: http://metaspace2020.eu
21. Etude des micro et nano-particules en cytométrie d'image et leur tri sur la plate-forme Cytocell par Juliette Desfrançois et Nadège Marec, plate-forme Cytocell

La plate-forme Cytocell dispose de deux systèmes très performants dans l'étude et la caractérisation des micro et nanoparticules de multiples origines : un cytomètre imageur (Image Stream X II) et un trieur de cellules spécialisé dans les tris de petites particules (Influx). Cet atelier vous montrera différents projets portant sur l'étude de micro et nanoparticules dont les applications touchent plusieurs domaines de la santé et qui ont été réalisés sur la plate-forme Cytocell.
11h10 - 11h45 2. Contributions des plates-formes CHEM-Symbiose et IMPACT à la valorisation académique de « petites molécules » d’intérêt thérapeutique telles que les inhibiteurs d’interaction protéine-protéine par Pierre Weigel (IMPACT) et Monique Mathé-Allainmat (CHEM-Symbiose)

Dans le contexte actuel où l’industrie pharmaceutique est à la recherche d’innovation thérapeutique, la modulation des réseaux d’interactions protéine-protéine représente une nouvelle voie thérapeutique très prometteuse. Lors de cet atelier, nous illustrerons la contribution de la plate-forme de synthèse CHEM-Symbiose et de la plate-forme de protéomique fonctionnelle IMPACT dans des programmes académiques visant à étudier et cibler des systèmes d’interaction protéine-protéine impliqués dans les phénomènes d’inflammation ou de cancer. De la synthèse de hits pour la validation du concept, au développement de nouvelles familles de molécules, les compétences spécifiques des plates-formes CHEM-Symbiose et IMPACT ont permis de propulser ces programmes scientifiques en terme de valorisation académique voire économique.
6. SpecOMS : un nouvel algorithme capable d’identifier à large échelle les modifications post-traductionnelles en protéomique par Dominique Tessier, plate-forme BIBS

La capacité de codage portée par les modifications post-traductionnelles des protéines peut combler le fossé entre le faible nombre de gènes et la machinerie complexe des organismes. Le décryptage de ces modifications reste un challenge. Nous montrerons comment le logiciel SpecOMS (projet régional Griote, thèse Matthieu David) permet de lever un verrou majeur dans l’interprétation des spectres de masse et améliore l’identification de très nombreuses modifications ou variants de peptides.
10. CeSGO + GenOuest : un guichet unique pour l'analyse et la gestion des données par Olivier Collin et Cyril Monjeaud, plate-forme GenOuest

CeSGO propose un environnement pour la gestion au quotidien de vos projets de recherche. Il vous offre divers outils de travail collaboratif pour échanger, partager vos idées et travaux d’une manière simple et intégrée. Vous disposez, au sein d’une interface web, d’outils de gestion et d’animation de groupe, d’outils de gestion de projet, et d’outils de partages de données scientifiques. L’environnement CeSGO est intégré à l’infrastructure de calcul de la plate-forme GenOuest sur laquelle vous pourrez analyser vos données de multiples façons : via une interface web ou bien en ligne de commande.
14. La valorisation des bioressources marines appliquées à la santé, exemple du projet HEMLYO par Alexandre Garlaschelli (Hemarina). Un atelier proposé par le Pôle Mer Bretagne Atlantique (Rachel Portal-Sellin) et Atlanpole Biotherapies (Charlotte Nény).

Ce projet collaboratif vise la mise au point d'un procédé de lyophilisation qui permettra de proposer sur le marché une innovation majeure : le premier transporteur d'oxygène universel (molécules extraites de vers marins) lyophilisé indispensable pour toute pathologie en lien avec un manque d’oxygénation (AVC, choc hémorragique, oxygénation de greffons ou de plaies…). Ce projet labellisé par Atlanpole Biotherapies et le Pôle Mer Bretagne Atlantique est lauréat 2017 de l’appel à projets « Innovation collaborative au croisement des filières » du Conseil régional de Bretagne. L’atelier permettra aussi de présenter le contenu de l'appel à projets 2018 actuellement ouvert pour des projets collaboratifs pouvant s’inscrire dans les 2 pôles (pré-dossier le 5 mars).
18. Approches de microscopies complémentaires pour documenter la dynamique de la Butyrophiline 3A1 impliquée dans l'activation antigénique des lymphocytes T Vg9Vd2 humains par Lola Boutin, UMR 1232 CRCINA

La molécule BTN3A1 est une protéine transmembranaire impliquée dans l'activation antigénique des lymphocytes T Vg9Vd2 sur un modèle de signalisation "inside-out". Un changement de conformation de cette protéine serait à l'origine de cette reconnaissance. Pour valider cette hypothèse, nous avons recours à la microscopie photonique. Les plates-formes d'imagerie nantaises, MicroPiCell et Apex, proposent aujourd'hui un large panel de matériel et de technologies de microscopie photonique. Par cet exemple, nous montrerons comment plusieurs techniques de microscopie peuvent contributer à l'élucidation d'une problématique biologique sur la dynamique membranaire.
22. Production et utilisation d’un vecteur lentiviral : optimisation des processus à l’aide de la gamme de réactifs associés Ozyme. par Sébastien Boni (plate-forme LentiVec) et Isabelle Aufort (Ozyme)

La construction, production, purification/concentration et utilisation d’un vecteur lentiviral à façon requiert l’exécution d’un grand nombre d’étapes sensibles. La plate-forme de production angevine, LentiVec, depuis sa création en 2014, ne cesse d’améliorer ces différentes étapes afin de répondre au mieux aux critères de qualité tout en satisfaisant les utilisateurs. C’est avec l’emploi des réactifs de la société Ozyme, associés à chacune de ces étapes, que nous pouvons aujourd’hui répondre à ces exigences.
11h45 - 12h30 Conférence plénière n°2 : Immunology: involvement of the membrane organization dynamics during signal transduction
par Didier MARGUET (Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy (CIML), Marseille, France).

The plasma membrane serves as physical barrier delineating the cell interior from its environment, creating the conditions to locally concentrate biochemical constituents and to keep a cell interconnected with its environment. This dynamic two-dimensional fluid displaying significant lateral heterogeneity on different spatiotemporal scales; this is thought to have important functional contributions, in particular to the surface receptors that are expressed on the plasma membrane and mediate the signal transduction.An understanding of the biophysical principles that govern the lateral organization and dynamics of the plasma membrane thus is essential for the understanding of its physiological role(s). This is especially true in the context of the receptor transmembrane signaling. Our team’s long-term goal is aiming at developing the relevant framework at the conceptual, experimental and methodological levels.

12h30 - 13h30 Cocktail déjeunatoire
13h30 - 14h25 Session posters
14h30 - 15h05 3. Genome sequencing of bacteria associated with brown algae par Simon Dittami (UMR8227 LBI2M) et Gwenn Tanguy (plate-forme Genomer)

We have sequenced 74 genomes of bacteria isolated from the brown algae Laminaria digitata,  Ascophyllum nodosum, and Ectocarpus sp. on six runs of Illumina MiSeq. All library preparations and sequencing were carried out at the Genomer platform. Raw reads were assembled at the ABIMS platform using SPADES, Medusa, and Gapfill, yielding 1 to 28 scaffolds per genome. These genomes form a basis for the exploration of gene functions underlying different types of brown-algal bacterial interactions.
7. Interactions diatomées-parasites en Manche Occidentale par Laure Arsenieff, UMR7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin

Le parasitisme est l'une des interactions écologiques les plus répandues dans la nature, se produisant dans presque tous les milieux et affectant un large éventail d'organismes. Cependant, les parasites de diatomées, microalgues dominant les milieux marins, restent relativement peu étudiés. L’isolement et la caractérisation de virus, bactéries et parasites eucaryotes ont pu être réalisés grâce à différentes approches, afin de mieux comprendre les interactions diatomées-parasites in situ.
11. Visualisation des données en métabolomique de R Shiny à Galaxy par Yann Guitton et Sébastien Hutinet (Corsaire-Laberca), Gildas Le Corguillé et Romain Dallet (ABiMS)

Au travers d'exemples issus d'applications développées au sein de différentes équipes membres de Biogenouest, cet atelier vous permettra de voir ce que les nouveaux outils de bio-informatique permettent aujourd'hui en terme d'aide à l'exploration des données de métabolomique (visualisation, interaction...)
15. Collaborez avec des PME Santé en Bretagne par Fabienne Le Grand (UMR 6539 LEMAR), Marc Tramier (UMR 6290 IGDR) et Jocelyne Le Seyec (ID2Santé)

ID2Santé vous propose de faire le point sur les dispositifs permettant de monter et de financer des projets collaboratifs entre des laboratoires de recherche, des plates-formes technologiques et des entreprises en Bretagne. Deux retours d’expérience seront présentés : celui de la plate-forme Lipidocéan sur le projet "BrainBooster" qui vise le développement d'ingrédients santé innovants pour le bien-vieillir à partir de coproduits marins (FUI ; collaboration Abyss Ingrédients/LEMAR) et celui de la plate-forme MRic sur le projet "HCS-FLIM" qui vise le développement d'un produit en microscopie innovante (AAP "Transfert de technologie" ; collaboration Combo Microtech/IGDR).
19. Screening automatisé d’inhibiteurs d’Aurora A par microscopie FRET-FLIM par Florian Sizaire (UMR 6290 IGDR) et Xavier Pinson (MRic)

Aurora-A est une cible pour le développement de nouvelles thérapies anti-cancéreuses. Nous avons mis au point une approche de High Content Screening en cellule en combinant des mesures de durée de vie de fluorescence sur le prototype fastFLIM installé sur la plate-forme MRic avec un biosenseur FRET de l'activité kinase d'Aurora-A. L'automatisation de cette méthode doit nous permettre d'identifier de nouvelles molécules anti-cancéreuses
23. Ecole de Chirurgie et de Pratiques Interventionnelles au LGA : formations pluridisciplinaires sur modèle porcin par Jérôme Rigaud, Ecole de Chirurgie et de Pratiques Interventionnelles de Nantes

L’objectif de ces formations est de faciliter l’acquisition des techniques et des gestes opératoires à la fois par voie abdominale ouverte (ou laparotomie) et par coelioscopie (ou laparoscopie), répondant parfaitement aux besoins de simulations nécessaires à une formation pratique initiale et continue. Ces formations se développent de façon progressive dans différents laboratoires : laboratoire simulation, laboratoire d'anatomie et laboratoire des grands animaux. Les formations de chirurgie ouverte, de laparoscopie et endoscopie sur grands animaux (porcs), permettent la formation initiale des internes et la formation continue des chirurgiens praticiens sur un modèle permettant un enseignement des techniques chirurgicales et interventionnelles dans différentes disciplines, dans des conditions physiologiques quasi équivalentes à la clinique humaine.
15h10 - 15h45 4. Apport d’un système d’expression transitoire en cellules eucaryotes ExpiCHO-S à la production de protéines. par Karine Bernardeau et Frédéric Pecorari, plate-forme P2R

La plate-forme P2R propose la production de protéines recombinantes en système procaryote ou eucaryote. En particulier, plusieurs approches d’expression eucaryotes sont disponibles dont le système d’expression transitoire ExpiCHO-S. Ce système permet la production rapide de protéines recombinantes en seulement 8 jours. Les quantités de protéines obtenues peuvent atteindre 500 mg/L, rendant accessible les approches de criblage. Des exemples de production seront présentés.
8. MRic-TEM : combinaison de techniques à l’échelle cellulaire et moléculaire par Aurélien Dupont, plate-forme MRic-TEM

Dans le domaine de la biologie, la microscopie électronique à transmission est une des méthodes de choix permettant des analyses à l’échelle ultrastructurale. Au travers d’un exemple exploitant à la fois les informations acquises en microscopie électronique conventionnelle et en cryo-tomographie, nous montrerons les potentialités de ces techniques.
12. Chémomodulation de la nécrose régulée : identification par criblage de molécules d'intérêts fondamental et appliqué par Stéphane Bach (plate-forme KISSf) et Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel (UMR 1085 IRSET)

Depuis le début des années 1970, le concept de mort cellulaire programmée a émergé avec la description de plus en plus précise de l’apoptose. Cette recherche fondamentale a très rapidement conduit à des avancées majeures en thérapie humaine et notamment dans le cadre du traitement du cancer. Nous savons aujourd’hui que ce n’était qu’une partie d’un puzzle complexe intégrant notamment la mort par nécrose régulée. Cette catégorie de mort cellulaire sera décrite au cours de l’atelier mais également les stratégies qui ont été mises en œuvre afin de caractériser, par criblage, des inhibiteurs chimiques de grand intérêt.
16. Utilisation du test Zebratox pour l’étude de la toxicité et de l’impact environnemental des liquides ioniques et des mélanges eutectiques par Rémy Le Guével (ImPACcell) et Ludovic Paquin (UMR 6226 ISCR)

Le poison zèbre est un organisme aquatique souvent utilisé pour évaluer l’impact environnemental de composés chimiques. La plate-forme ImPACcell a développé le test Zebratox, technique innovante, permettant une évaluation rapide et précise de la toxicité de composés chimiques. En collaboration avec Ludovic Paquin de l'Institut des sciences chimiques de Rennes, nous avons réalisé une étude de la toxicité de 23 liquides ioniques, composés largement utilisés comme solvants par l’industrie chimique et comme lubrifiants industriels.
20. Transparisation et microscopie biphotonique, des solutions technologiques complémentaires innovantes pour l'exploration 3D des organes par Romain Fleurisson et Laurence Dubreil, plate-forme APEX

L'imagerie 3D des organes à l’échelle microscopique est recherchée pour analyser les changements morphologiques liés à une pathologie ou à un traitement. Nous montrerons comment des techniques de transparisation couplées à la microscopie biphotonique permettent d’imager des organes sur plusieurs mm tout en conservant la fluorescence des protéines endogènes et les signaux de seconde harmonique.
24. Transfert non viral d’acides nucléiques dans les cellules en culture : du gain à la perte de fonction par Manuel Vlach (UMR 1241 NuMeCan) et Pascal Loyer (plate-forme SynNanoVect)

La plate-forme SynNanoVect propose un atelier sur les technologies de transfert d’ADN et ARN dans les cellules en culture en focalisant le propos sur l’étude de gènes par gain ou perte de fonction. Une revue des technologies d’électroporation et des vecteurs lipidiques disponibles sur la plate-forme permettra d’illustrer les options méthodologiques disponibles pour les cellules « faciles » et les cellules « difficiles » à transfecter.
15h50 - 16h35 Conférence plénière n°3 : La vaccinologie inverse pour identifier des antigènes potentiellement vaccinaux contre Campylobacter
par Daniel DORY (Anses, laboratoire de Ploufragan-Plouzané, Unité Génétique Virale et Biosécurité / Unité Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins).

La campylobactériose est une infection humaine qui résulte, entre autres, de la manipulation de viande de poulet crue ou de la consommation de celle-ci mal cuite. Un des moyens de limiter ce risque serait de réduire le portage en Campylobacter des poulets de chair, et pour cela la vaccination des poulets représente une des stratégies majeures. Les méthodes classiques de développement de vaccins n’ont pas permis à ce jour de produire un vaccin suffisamment efficace. Il est donc indispensable d’identifier des antigènes vaccinaux beaucoup plus efficients. Récemment une nouvelle méthode d’identification des antigènes vaccinaux a été mise au point : la vaccinologie inverse. Concrètement, le génome du pathogène est analysé à l’aide d’outils informatiques dévolus à la recherche de gènes codant des protéines potentiellement immunisantes. A l’aide de ces outils, nous avons pu identifier 14 antigènes de Campylobacter potentiellement vaccinaux. Pour pouvoir évaluer le pouvoir protecteur d’un grand nombre d’antigènes, nous avons développé un modèle vaccinal basé sur de la vaccination à ADN plasmidique qui est simple et rapide à mettre en oeuvre. Nous avons pu ainsi à ce jour étudier le pouvoir protecteur de 6 de ces antigènes nouvellement identifiés ; 4 d’entre eux se sont révélés être des candidats vaccins prometteurs.

16h35 Discours de clôture
16h45 Café de clôture

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